防止企業避稅，近年來國稅局將移轉訂價列為重點查核項目。台北國稅局去年共於轄內查核四件違規案件，並進行調整補稅，累積調增課稅金額達4億2，000多萬元，並追回6，400多萬元稅款；國稅局強調，今年將大幅增加選案查核數量，加強查核力道。
企業常利用違法移轉訂價作為避稅策略，利用不同國家稅率高低不同，透過母子公司或關聯企業彼此間存在的控制關係，將產品由高稅率國家以低價銷往低稅率國家，以求少繳稅。台北國稅局指出，轉移訂價案件查核時間較長，但依據往常經驗，被選查的案件多半都會遭國稅局調整補稅。
去年，台北國稅局一共查核了四件99年度的轉移訂價違規案件，並進行調整補稅，累積調增的應課稅額達4億2，000多萬元，平均每個違規案件漏稅額都超過1億，最終為國庫追回6，400多萬元稅款。國稅局強調，今年將大幅增加選案查核數量，加強查核力道。
國稅局指出，營利事業在申報營所稅時，若未依規定揭露關係人相互間交易資料，或未依規定評估受控交易且未備妥移轉訂價報告或其他文據，就將被稅局列為優先選查對象。
此外，若稅局發現企業在海外免稅天堂國家設有子公司或有關聯企業，且出現國內母公司獲利少於國外子公司的異常情形，也會進行選案查核；舉例來說，國內母公司負責公司研發、服務，其年獲利應較接受母公司指導的國外子公司多，但若獲利異常流向海外，國稅局即會視為異常並查核。
若企業想避免事後因查核而和稽徵機關間產生爭議，可向所在地稽徵機關申請預先訂價協議，協議簽訂後，只要在協議期內遵守規定，稽徵機關即會按常規交易計算應納稅額，大幅降低租稅負擔不確定性。