人類的大腸自出生後，便充滿了細菌，大部份細菌均與人類和平共處。早在遠古年代，抗生素尚未問世之前，人們就嘗試以發酵的食物，治療腸胃道疾病，用意即在以口服某類細菌進入腸道後，希望藉此拮抗病菌。只是抗生素發現後，這類的報告就沉默了。
臺安醫院一般內科蔡青岩醫師指出，「乳酸桿菌」是最常被提及有關此類治療的細菌，除了「乳酸桿菌」外，另有「比菲德氏菌」，「釀母菌屬真菌」，「嗜熱性鏈球菌」，文獻上均有研究報告。這些生物可能藉由生成物質消滅病菌，刺激人體免疫反應，與病菌競爭養分、或生存空間，來達成治療的效果。
目前文獻中提及可能有治療效果的疾病，大部份是腸道疾病包括：服用抗生素引起的腹瀉、感染性腹瀉、旅行者腹瀉、激燥性大腸症候群、乳糖耐受不良，以及陰道炎、降低膽固醇、癌症防治等。但是，並不是所有的研究都持正面看法，仍有一些報告認為沒有用處，而且並不是吃一種細菌就可以達到全部上述疾病的治療效果。
為達治療效果，蔡青岩醫師強調，服用的生菌種類，數目必須能在胃酸，小腸鹼性環境下存活，才能在大腸中繁殖，而且它必須是無害的。研究報告上，一些特類型「乳酸桿菌」與心臟心內膜炎有關，但不屬於服用的生菌種類；「釀母菌屬真菌」曾引起極少數黴菌感染個案。「乳酸桿菌」，「比菲德氏菌」是屬於人體正常常駐菌種，且已使用多年，因此較無安全故慮。