一封給馬總統信函，顛覆中研院長翁啟惠原予人不善言詞的科學家形象，也讓行將卸任的馬總統處理翁案的籌碼更顯限縮。
翁啟惠回國後，原本姿態低；不過經歷休假日後，翁雖仍尊馬，但給總統信函的字裡行間處處可見機鋒，顯然翁已掌握現行體制的「眉角」。
翁啟惠知道馬總統尊重學術自由的一貫態度，這會限縮馬的策略空間，於是翁反手打出「交接牌」，易守為攻，迫馬提前接受新院長遴選結果。
不過，翁既強調不辭是因新院長遴選過程有「諸多紛擾」，但他為何又要求馬「及早確認」有諸多紛擾的新院長？再者副院長既然可全權處理院務，他又有何非留不可的理由？
翁之所以如此，應是推測若馬採取攻勢作為，將創下「總統撤換中研院長」首例，並承擔「政治干預學術」的批判風險；尤其翁尚未被判有罪或被檢方起訴，「未審先判」、「不符無罪推定」等罵名，是馬不能承受之重。
但馬總統也不是全然無計可施，馬可借力使力，以翁所言「諸多紛擾、人事動盪」為由，退回新院長遴選案，拆解翁的連環計。
馬總統此刻應運用政治智慧，以朝野強大的共識為後盾，化繁為簡、分段處理，不能讓翁啟惠就這樣糊弄過去。