在日軍攻下南京後，果如華北軍所說，蔣介石政府仍然堅持抵抗，日本軍部視蔣為中國抗日核心。1939年春，第十一軍司令官岡村寧次中將如是說：「看來敵軍抗日力量的中心，不是四億中國民眾，不是政府要人的意志，也不是各類雜牌軍混合而成的二百萬軍隊，乃是以蔣介石為核心，以黃埔軍校系統青年軍官階層為主體的中央軍。」
1937年7月17日，蔣介石在廬山發表著名的“最後關頭”演說和嚴正聲明，指出“再沒有妥協的機會，如果放棄尺寸土地與主權，便是中華民族的千古罪人”
從日本所著侵華戰爭相關著作中不難發現，國共爭議最激烈的抗戰領導權問題對日本根本就不是問題。對於日本來說，中國唯一的合法政府是國民政府，其首領就是蔣介石。即使日本人在戰爭後期意識到蔣介石領導的國軍也許並不是唯一的對手，日本仍是初心不改的將蔣介石視為戰與和的對象。
得益於滿洲事變的輕易解決與華北事變中蔣政府的退讓，日本政府相信盧溝橋事變後，稍微“膺懲中國軍隊的暴戾”，中國方面就會像過去一貫那樣，馬上變得服服帖帖。(《大東亞戰爭全史》)
雖然日軍在上海遭到了抵抗，而且“中國軍的抗戰意志和步兵的戰鬥力，完全超出三宅坂(即陸軍省部)的預料。”(《大本營陸軍部》)日本軍部仍是相信“以中國軍隊的主力兵團為目標，給此等主力兵團以大打擊，藉以動搖中國軍隊的全局，進而導致蔣政權的崩潰，促進新中央政權的建立。”(《中國事變陸軍作戰史》)陸相杉山元更是在淞滬會戰後，對即將前往上海就職的華中方面軍司令官松井石根授意：“無論如何要攻打南京，使國民政府屈服，這是膺懲支那的特殊使命決定的。”(《亞細亞的日本軍》)
只有經過了一個月的交戰經驗和考察了當地政情與民心動向的華北方面軍持有不同看法：必須想到南京政府將長期抵抗……即使蔣介石政權失敗，繼之而來的，在最壞的情況下很可能是以蘇聯勢力為靠山的具有濃厚的共產色彩的勢力掌握政權……必須有這樣的精神準備，不要幾年將出現的事態是，我們將不得不以比過去更加厲害的排日的中國為對手。(《中國事變陸軍作戰史》)
在攻下南京後，果如華北軍所說，蔣介石政府仍然堅持抵抗，日本軍部視蔣為中國抗日核心。
1939年春，第十一軍司令官岡村寧次中將如是說：“看來敵軍抗日力量的中心，不是四億中國民眾，不是政府要人的意志，也不是各類雜牌軍混合而成的二百萬軍隊，乃是以蔣介石為核心，以黃埔軍校系統青年軍官階層為主體的中央軍。”
日本並不願陷入持久戰的泥沼中，針對蔣介石的誘降工作與進攻中國幾乎同時展開，並貫穿整個戰爭期間。在《日本外交史》、《大本營陸軍部》、《桐工作圓桌會議的經過概要》、《今井武夫回憶錄》等書中詳細的記述了陶德曼調停、蕭振瀛工作、桐工作以及各期《實施對重慶政治工作方案》，最為成功的是使汪精衛脫出重慶。然而誘降蔣介石並不順利，在蔣介石暫時答應承認滿洲國獨立的基礎上，因日本軍部不斷以前線勝利而加價導致功虧一簣。
到了戰爭後期，時任外相的重光葵考慮過放棄底線與重慶和談，然而他發覺“重慶國民政府已與英美髮生友好的關係，中國既不能違反英美的意見而與日本單獨協商媾和……且蔣介石先生已經決心抗戰到底。”(《日軍侵華內幕》)
此時，有些日本人則認為“中國共產黨領導的抗日力量的壯大已成為建立和平的主要障礙”(1944年1月15日《朝日新聞》)。他們比國民黨更為堅定，“對於中共，只有排除任何妥協，必須從各方面都採取徹底的對抗政策。就中共的信念而言，他們聲稱是要一直戰鬥到日軍完全從中國撤退為止的。”(《華北治安戰》)
1943年，松本鈴吉在《中日事變解決的要諦》中說：“再當考察大東亞戰爭和抗日意識的關係時，所不能忘卻或看過的是中共政權。在中國民眾抗日意識的源泉點上，中共政權在重慶的上位。”日方主辦的《同盟世界周報》指出：“如果有人以為只要和重慶能夠談判成功，就可以解決中國事變，那是很大的錯誤。根據我們的見解，真正的抗日勢力，始終一貫的是中國共產黨。”
然而時任中國派遣軍總司令的岡村寧次以“重慶已成為美國的傀儡，且在全面戰局對軸心國不利的情況下，解決中國問題不能單靠外交謀略手段”只能“進攻四川，摧毀重慶”，而日軍大本營基本同意了他的計劃，此時已是1945年1月。(《大本營陸軍部》)
但是重慶並沒有攻打下來，而日本不得不為本土決戰作準備，大本營因此將軍事進攻轉為對重慶與延安的政治工作。
在日本宣布無條件投降時，岡村寧次通過國民黨陸軍副總參謀長冷欣向蔣介石提出了一系列反共的建議，其中特彆強調要將駐在中國的100多萬裝備齊全、建制完整的日軍，趁尚未遣散之前，用來進攻共產黨。此舉深得蔣介石的“嘉許”。(《中日戰爭時期的通敵內幕1937-1945》)
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