復徵證券交易所得稅，為對資本利得者課稅，達成租稅公平正義方 式之一。財政部官員憂心，復徵證所稅將不利於稅收的增加；會計師則認為，恐怕將導致外資撤離台灣，對市場影響重大。
行政院「財政健全小組」將在3月間成立，民國78年停徵的證券交易所得稅，攸關是否對資本利得者課稅，將是該小組討論的重點議題。
賦稅署長許虞哲表示，78年停徵證所稅的環境背景，與現今有很大的轉變。納稅義務人各種證券交易所得總歸戶，雖然仍有其技術上的難處，但也比以前更可以達成目標，這些都拜電腦科技長足進步所賜。
不過，復徵證所稅影響層面很大，股票市場更是敏感。因此他認為，財政健全小組未來的分組討論，若能廣納各方建言，達成社會共識，執行復徵證所稅，方能水到渠成。
目前，證交稅的稅入，在近5年來尚稱穩定，平均1年約有1，000億元的證交稅稅收。而且，因為是採分離課稅，千分之三證交稅率，直接在投資者賣出股票時加以課徵，稽徵成本低廉。
許虞哲憂心，就稅收來說，復徵證所稅，證交稅率下降的可能性很大，而證所稅的課稅原則是有賺課稅、有賠可抵扣所得，因此，在證交稅與證所稅同時課徵的情況下，兩稅總稅收在初期不會增加，甚至能否收到目前千億元的6、7成都難料。
勤業眾信會計師巫鑫認為，復徵證所稅要從台灣內部有無共識，與外資動向等兩個層面觀察。就台灣內部來說，巫鑫表示，現在有關「量能課稅、租稅公平」的聲音不小，因此，復徵證所稅成為對資本利得者課稅，達成公平正義的重要目標。不過，造成78年證所稅課徵失敗的因素，例如人頭戶問題、計算所得與損失的總歸戶問題是否已能夠解決，仍是左右復徵可行與否重要因素。
其次，證券交易人所得來源與損失的計算，其執行機關是誰，也需要探討。例如，公司付薪水給員工，公司須為員工掌握稅源，辦理扣繳憑單，如果公司沒有辦理扣繳，主管機關要罰。
復徵證所稅，責任落入經紀商，經紀商過去沒有此一業務，現在要做，人員訓練、電腦作業等是否符合規定？經紀商面對客戶各類證券交易，以及因持有證券產生的股利、配股等，都需一一正確執行，如果有錯，可能面臨受罰，財政部要課稅，成本卻由經紀商負擔，恐怕業界不會沈默。
巫鑫指出，現在外資很多投資台灣資本市場，與證所稅停徵不無關係。復徵證所稅，會否趕走外資，政府決策者應全面衡量利弊得失，以免養鵝拔毛毛未拔，鵝都跑光了。