檢調將追查二次金改有無不法，財政部高層17日表示會全力配合，一旦查有不法，已移轉的股權或所有權是否重新調整，須視不同態樣而定。由於信賴保護原則恐不易溯及既往，若真有涉及不法，社會壓力又要求特定對象須退出公股金融機構時，公股只能看能否透過行政指導方式，道德勸說特定對象賣股退出。
檢調單位偵辦前總統陳水扁海外密帳案，清查資金來源中衍生出，將追查二次金改是否涉有不法，也讓外界關注，部分公股金融機構未來的股權結構、整併，會否因此出現變化。
陳水扁極力推動的二次金改政策，多次引發爭議，馬蕭政見之一就是追查二次金改是否涉及不法。前民進黨主席施明德更爆料，曾有工商界重量級人士告訴他，二次金改中某企業家就給了陳水扁27億元。
對此，財政部高層表示，財政部不了解，要看檢調的偵查結果。
民進黨政府為推動二次金改，促成六家公股金融構減半，包括合作金庫銀行併農民銀行、台灣銀行併中信局、台新金控入主彰化銀行等；在金控減半政策中，中信金也一度想要併購兆豐金，但宣告失敗。
二次金改推動的整併案，以民營金融業者介入的個案爭議較大，像台銀併中信局這類「公併公」的案件，較不易有爭議。
除了二次金改，陳水扁執政八年期間，開發金經營權爭奪戰，當時也傳出官邸介入，引發爭議。還有多家公股金融機構在尋找合作對象、成立金控過程中，也曾傳出爭議，財政部高層表示，財政部政風單位就曾接受類似的檢舉案。
外界關切，檢調一旦查出不法，已釋股或整併的公股金融機構，是否可以重新調整或回復？財政部高層表示，這要視不同態樣而定，如已釋股給社會大眾的，就不可能再買回，至於移轉給特定對象的個案，也須視涉及不法的事實內容，才能進一步了解，是否因無法溯及既往而無法回復，還是有其他處理方式。
有關官員表示，股權移轉跟刑事訴訟要分開來看，從法律契約角度來看，股權已移轉了，除非雙方同意，或法律有明訂（如金控法規定，併購不成要賣股退出等），否則恐怕很難要求特定對象退出。
因此，若真的有涉及不法，社會壓力又要求特定對象須退出公股金融機構時，只能看能否透過行政指導方式，道德勸說特定對象賣股退出。