為了因應莫蘭蒂颱風，國軍共有32391位官兵待命留守，累計13、14兩天共派遣7162人，協助撤離2202位民眾到安全地區。15日中秋節當天，軍方仍將派出3690人，協助東部與南部民眾與地方政府災後復原。
國防部說，待命兵力另包括航空器15架、海軍艦艇115艘、裝甲車314輛、一般輪型車2382輛、工程機具1320部。另外為執行山區緊急搜救任務，陸軍航特部及海軍陸戰隊，編組14個特戰小組、共87人，提前進駐宜蘭南澳、高雄那瑪夏、桃源、南投信義等13個災害潛勢區，俾能於第一時間投入搶救。
總計在14日一整天，國軍協助南投仁愛、高雄那瑪夏、桃源、屏東來義、枋竂等八處地區，撤離914位民眾，堆置沙包10694個。如從13日起計算，派遣兵力共7162員，撤離2201人，沙包堆置17274包。15日在第二作戰區（花東）與第四作戰區（南部），預劃派遣兵力3690員，協助屏東、高雄、台南、花蓮及台東等地區的災後復原工作。
國防部發言人陳中吉指出，除了高雄鳳山陸軍官校有部分圍牆被風吹倒，其他各單位目前均未回報災損。此外在高雄港，多艘船隻因強風吹襲斷纜漂流，有一艘漁船擦撞海軍「成功」號飛彈巡防艦，不過並未造成傷害。