首先要搞清楚補充益生菌的目的是？目前市售市售益生菌功能大不相同，民眾在挑選益生菌時，千萬要搞懂不同益生菌菌種功能的差別!
上表就是常見益生菌的功能分類.
乳酸菌要發揮整腸效果，想當然的必須要能定著於腸道，但是益生菌欲與已定殖存在的壞菌相競爭是困難的事，可行的最佳方法乃持續食用益生菌(不斷的沖刷掉壞菌)。目前有許多醱酵乳或整腸用乳酸菌製劑使用由人腸道中分離出來的乳酸菌，以求提升其在人體內的定著性。許多臨床實驗也證實這類乳酸菌確實有不錯的整腸效果，也確實會降低腸內不好的菌類。
益生菌對消化幫助不大，而是『整腸』
益生菌的定義為「某一種或複數種微生物當餵食予人類或動物時可增進其腸內菌叢之品質」。益生菌對於腸道的好處在於降低壞菌的比例、幫助潤滑腸道，以減少諸多腸道不適症狀，適合用於整腸使用，對於消化幫助不大。但若是因為壞菌過多，引起腸道功能失調，進而影響腸道的吸收，益生菌就可以撥運整腸效果，進一步改善腸道吸收的狀況，所以要搞懂自己身體狀況再選擇產品喔。
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5.LGG乳酸菌：鼠李糖乳桿菌（Lactobacillus rhamnosus GG），根據芬蘭學者研究報告，服用LGG乳酸菌可降低50%寶寶在2歲前罹患異位性皮膚炎的機會，但會使寶寶得到氣喘的機率增加3倍、得到過敏性鼻炎的機率增加2倍。此類益生菌的作用，必須服用4-8周後才可能有改善的作用，並非像「改善腸道功能」的菌株，能在1-2周發揮作用。
4.LP菌：副凱氏乳酸桿菌（Lactobacillus paracasei），代表性產品為
統一LP33機能性優酪乳。國內研究號稱可以抗過敏，分泌高濃度γ干擾素，來減低過敏發炎反應。市面上強調過敏配方的產品，大多含有LP菌與LGG菌(異位性皮膚炎)，在考慮益生菌發揮作用前，須考慮菌株定殖的問題，所以在選用「過敏配方」的益生菌時，建議挑選「LP」+「LGG」+「A、B」菌，增加抗過敏菌株的定殖力，而非單一菌株的產品。
3.C菌：凱氏乳酸菌（Lactobacillus casei）是腸內定殖力最強的乳酸菌，可在腸道內存活15天以上，主要宣稱為預防腸道不適症狀、提昇免疫力使腸道菌叢正常化和抑制過敏物質釋放，代表性產品為阿X比膠囊。
2.B菌：比菲德氏菌（Bifidobacterium species），也稱雙歧桿菌，多定殖於大腸。較常見菌種為Lactobacillus bifidum，其他還有雷特斯菌(B. lactis)或龍根菌(B. longum)，具耐酸、耐膽汁、耐氧等特性，主要功能為使腸道菌叢正常化及有助於病毒性腹瀉的改善。此類菌株最大的特色在於雙歧結構，能有效卡在腸道表面構成保護膜，所以對於腸道防護作用佳，ex.防止旅行時水土不服引發的腹瀉。針對乳糖不耐(天生或服用抗生素引起)者，選用配方上，建議選用「嗜熱鏈球菌(Streptococcus thermophilus)」+「保加利亞乳酸菌(L. bulgaricus)」+A、B菌為宜，原因在於此二類菌珠能快速分解乳糖成酸，並幫助A、B菌的定殖生長。

益生菌的使用，以乳酸菌為主，其為能利用碳水化合物進行發酵生產多量乳酸之細菌，常見乳酸菌介紹如下：
1.A菌：嗜乳酸桿菌（Lactobacillus acidophilus），長駐於小腸，分泌乳酸與醋酸抑制壞菌入侵。主要功能為增強免疫力、使腸道菌叢正常化和抑制陰道黴菌生長，代表性產品為表X鳴。針對陰道預防感染的保健，建議日常多補充「蔓越莓錠」及此類益生菌；若是更年期婦女族群，請注意女性荷爾蒙低下的問題，才能有效改善。
預防私處感染

益生菌用於女性私性處保養或預防泌尿道感染行之已久，主要是因為益生菌能競爭壞菌生存空間、分泌抑菌素抑制壞菌生存。由於泌尿生殖器黏膜表皮主要優勢菌叢為Lactobacilli，所以各研究紛紛探討Lactobacilli菌屬對於女性陰道炎或尿道炎的預防效果，尤其是Lactobacillus acidophilus、Lactobacillus rhamnosus GR-1及 L. reuteri RC-14，但有趣的是Lactobacillus rhamnosus GG在泌尿道感染的預防效果不佳。

除了選對上述菌種外，文獻建議各菌株數量需達1× 109 個以上，且連續服用2-4周以上，才能有效預防私密處感染唷。
調整身體脂肪

目前聽到能調整血脂或體脂的益生菌，大多指是Lactobacillus reuteri GMNL-263。目前針對該菌株用於調降血脂/體脂的文獻大多僅限於小型動物研究，從相關研究資料看來，Lr263的確具有降低體脂、體重、血脂的潛力，並且能改善胰島素敏感性及調控身體發炎的能力。尤其是現代人飲食高度精緻化的狀況，又普遍缺乏運動，與其服用抑制營養吸收或減低食慾的減重/脂產品，不妨可以選用較健康的益生菌。但中肯的話不中聽，想瘦，當然還是要多運動!!!

若將該研究菌數換算成60公斤成人劑量，約是每天補充2.1 × 109 cells，並且建議至少連續服用3個月以上比較有意義。
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調整血糖穩定

市售最常聽到調整血糖的益生菌非「Lactobacillus reuteri ADR-1」莫屬，目前我們仍不清楚為什麼該菌種在實驗中具有輔助控制血糖的作用。但推測這與益生菌協調過敏機轉類似，透過降低身體發炎因子、細胞氧化壓力等等，而達到調整體質的作用。微笑藥師建議，在血糖控制上，仍首重於飲食控制與定期有氧運動，輔以藥物治療與定期血糖監測/記錄，再以上條件都落實後，可以考慮長期服用Lactobacillus reuteri來輔助，但千萬別什麼都不做，只期待這益菌能發揮多大降血糖的作用。

建議若服用Lactobacillus reuteri ADR-1益生菌輔助調整血糖，請至少連續服用三個月以上，並且多運動，盡量避免抽菸、喝酒或吃油炸類食物等會增加身體發炎因子的習慣。
輔助情緒管理

研究顯示腸道菌可能藉由內分泌系統(GABA、血清素)、神經系統方式、免疫方式與大腦溝通，甚至在腸躁症、憂鬱症、自閉症、甚至是巴金森氏症的研究中，都可以觀察到菌腦腸軸線的影響。

目前PS128的研究均屬於動物實驗，但從目前的研究趨勢及PS128可能帶來的整體效益(促進腸道好菌生長、平衡發炎反應、增加腦內多巴胺及血清素、調節精神活性)，以及PS128服用安全性高等因素考量，PS128用於憂鬱/焦慮/自閉等精神疾病的輔助效益，將有極大的潛力。反觀於現行體制下，憂鬱症/焦慮/自閉症的藥物治療帶來的副作用，往往降低病患服藥的順從性，PS128的高度安全性及綜合調整效益，勢必在輔助治療扮演一重要角色。

建議若想透過服用PS128益生菌達到調節情緒作用，請至少連續服用3個月以上的時間唷。
調整過敏體質

目前常見過敏益生菌株如 L. paracasei33、L. rhamnosus GG、L. johnsonii，但考慮益生菌發揮作用前，須考慮菌株定殖的問題，所以在選用「過敏配方」的益生菌時，建議挑選「LP33」、「LGG」+「A、B」菌，增加抗過敏菌株的定殖力，而非單一菌株的產品。而在單次服用的菌株量方面，抗過敏菌株，建議至少含20億菌以上，若為複合菌種，總菌株量最好有100億菌以上，但是要在此釐清，並非菌數愈高就愈好，倘若協同菌株過高，反而有可能影響抗過敏菌株的作用。

請至少連續使用過敏性益生菌8週以上，達到其最大的抗敏作用，可能降低過敏發作頻率或嚴重度。但倘若連續服用8-16以上，過敏狀況毫無改善，建議停止繼續服用。
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調整免疫功能

常見提升免疫功能的益生菌如FK-23、EC-12，FK-23是Enterococcus faecalis經由瞬間加熱形成的「死」菌體，一方面大大降低活菌的致病率，另外更提高促進免疫力的能力(FK-23為活菌的3倍)。主要藉由FK-23的細胞壁來刺激人體腸道免疫接受體，間接提升免疫系統，活化嗜中性白血球的功能，不過由於是死菌，所以免疫刺激效果是短暫的，所以服用FK-23死菌，要持續服用免疫才能激起。

由於是死菌的細胞壁且又是體積小的腸球菌，且希望利用大量細胞壁片段活化人體免疫受體，所以常會看到產品的菌株數動輒上千億，建議連續服用1個月以上達到最佳免疫提升的效用。
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調整腸道功能

談到益生菌，大家第一想到的必定是調整腸道功能，改善便祕、腹瀉或水土不服的狀況。常見菌種例如駐紮於小腸的嗜乳酸桿菌(Lactobacillus acidophilus，俗稱A菌)、定殖於大腸的比菲德氏菌(Bifidobacterium species，俗稱B菌)、腸內定殖力最強的乳酸菌-凱氏乳酸菌(Lactobacillus casei，俗稱C菌)、體積小沖刷力高的腸球菌(Enterococcus faecium)、宮入菌Clostridium Butyricum Miyairi。

B菌由於結構為Y字型結構，能卡在大腸表面形成防護膜，所以特別適用於腹瀉及乳糖不耐症(配方若額外含保加利亞乳桿菌Lactobacillus bulgarium）、嗜熱鏈球菌Streptococcus thermophilus效果更佳)。其中不怕抗生素的益生菌為腸球菌(Enterococcus faecium)及宮入菌Clostridium Butyricum Miyairi，但由於腸球菌潛在抗藥性基因的風險，故不建議當作保養使用。

腸道益生菌，建議可以優先選擇A+B或A+B+C為主的配方，菌數>100億為佳，切記不要選擇含有氧化鎂、硫酸鎂、蕃瀉葉或刺激劑的益生菌產品，因為此類並不建議長期保養使用，腸道調整益生菌約連續服用1-2周即可發揮保健效益。