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登革熱疫情持續蔓延，目前總病例數已達到5542例，比5日增加356人。中央疾病管制署郭旭崧署長今（6）日針對是否成立「中央疫情指揮中心」召開說明，表示目前疾管署首要的作為，在於中央與地方之間的協調，若中央動不動就成立指揮中心，不僅勞師動眾，更會剝奪地方政府的成長空間，但若地方主動相行政院提出要求，或者登革熱疫情超乎想像，中央還是會成立指揮中心，協助地方控制疫情。
郭旭崧表示，疾管署早在4月24日疫情開始前，就召開了第一次的疫情協調會報，更在8月6日親自參與由台南主導的會議，了解中央與地方配合的狀況，當時就有評估是否要成立疫情中心，但有鑒於中央與地方溝通良好，最後還是決定「維持現狀」。
由於疾管署4日曾召開協調會報，當時行政院張善政副署長與台南市衛生局都有參與，三方也得出「中央沒有接管地方的必要」，郭旭崧也表示，有關登革熱疫情的控制，並不是只有成立一個疫情中心才能做協調，而是平時就應該建立良好的溝通管道
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至於未來是否有可能成立疫情指揮中心？郭旭崧回應，如果台南市真的做不下去，主動向行政院提出請中央接管的要求；或溝通過程遭遇瓶頸，甚至疫情超乎想像——截止至9月底疫情仍未反轉的話，中央一定義不容辭，直接跳下去協助處理。
除了再三強調中央沒有接管地方的必要外，郭旭崧署長也針對5日在台南發表的「噴藥無效」一事做出回應，指出過去巴西曾對2感染登革熱的鄉鎮鄉鎮做實驗，一鄉鎮噴藥、另一鄉鎮不噴藥，「結果並無太大差別」，但他也表示，會說「噴藥無效」，並不是要打擊第一線的基層防疫人員，目前各地仍「有限度」地依照中央的指示進行噴藥，但若要有效防治登革熱，還是要將重點擺在「孳生源清除」。