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企業營所稅率大降至17%後，波及股東獲配股利的可扣抵稅額比率驟降至20.48%，個人綜所稅率逾21%以上的股利大戶，取得99年度的股利稅負會出現不降反升效應，營所稅降稅好處將被抵銷。
立法院日昨三讀通過所得稅法部分條文修正案，自99年起企業的營所稅率將降為17%。財政部計算出營所稅率調降為17%後，企業分配給股東的可扣抵稅額比率上限，將自營所稅率為25%時的33.33%，一舉下降至20.48%。
營所稅率為25%時，股利的抵減率上限是33.33%，個人綜合所得稅率在30%以下的投資人，獲配的股利都可以不必再增繳個人綜合所得稅；財政部說，營所稅率下降為17%後，企業配發99年的股利，股東抵減率上限降為20.48%，綜所稅率在21%以上的投資人，都要補繳股利的差額所得稅。
也就是說，每百元股利可以申報扣減股東個人所得稅的上限抵稅額，會從33.33元下降至20.48元。財政部說，股東可扣抵額比率下降，在相同股利獲配水準下，個人所需繳納的股利所得稅自然會上升。
財政部強調，兩稅合一實施後，基於不再對股利所得重複課稅的精神，企業所繳納的營所稅，可以在分配股利給股東時，做為股東繳納綜所稅的抵稅額。營所稅率愈高，股利的可扣抵比率會較高；反之，抵稅率就會下降。
財政部說，股利的所得稅負在兩稅合一機制下，透過股利可扣抵比率的設計，是以個人所得稅為最終稅負，也就是股利稅負高低需視個人綜所稅率多寡而定。目前個人所得稅率最低為5%，最高達40%。
財政部官員指出，一般企業決定發放99年的股利時點約在100年的5、6月間，也就是101年5月申報100年個人綜所稅時，股利大戶就會明顯感受股利稅負上升的效果。
依據現行稅法，股利形式不同，綜所稅負也不一樣。如為現金股利，全額都要併入股東個人綜合所得計稅；取得的股利如為股票股利，就只有面額十元部分，一般股東（非屬員工分紅配股）要按營利所得性質合併個人綜合所得繳稅，超過面額以上部分，全數視為證券交易所得享有免稅。