專家警告，如廁完畢，衛生紙無法徹底地清理臀部，肛門若殘留糞便，不僅造成肛門搔癢，嚴重的話還可能引發細菌感染。在日本、義大利、希臘等國，民眾習慣用免治馬桶，但英、美、澳等國，則慣用衛生紙。專家呼籲，若習慣用衛生紙，最好改用溼紙巾，不僅較為乾淨，也可減少擦拭時的摩擦力，畢竟若擦拭太過，可能造成肛裂、甚至引發痔瘡。
另一個使用衛生紙擦拭的風險是可能造成尿道感染。若習慣由後往前擦，可能將肛門的細菌帶到前方，感染尿道。若改用免治馬桶或溼紙巾，較能洗掉或殺死細菌。
呼籲少用衛生紙的專家Rose George說，如廁後用衛生紙擦拭只能移動糞便，但無法移除糞便。每天有數百萬人帶著糞便到處移動，還覺得自己肛門清得特乾淨，著實讓人不解。