中研院長翁啟惠捲入浩鼎案，加上新院長遴選因臨時修改辦法引發爭議，讓中研院形象大傷，也讓院長候選第一名的廖俊智沾上風波。如今在院長定案前，又傳出中研院要先聘他當特聘研究員，即使廖俊智的學術成就極高，在時機上也不免惹來流言。
廖俊智遴選院長、及受聘擔任特聘研究員這兩件事，應該分開看。他是美國名校洛杉磯加大化學暨生物分子工程系主任，又是美國科學院院士，以他的資歷，中研院即使用月薪五十萬元，聘他當最高等級的特聘研究員，恐怕仍比不上他在美國的高薪；這樣成就的學者若願放棄美國高薪終身職，返台服務，是台灣的福氣。
至於廖俊智夠不夠格當中研院長，則見仁見智。有人說他上次院士選舉才當選院士，資歷不足，對中研院很陌生。但院士其實是榮譽職，很多久居國外的老院士也只是院士會議時才返國，對中研院的理解也多來自媒體，不見得正確，不能因此就斷定廖俊智無法勝任院長，否則只聘國內院士當院長，豈不乾脆？
這次院長遴選的問題，在於程序正義。中研院評議會在票選院長候選人當天，才修改遴選辦法，雖未違法，但不合理。國內不管遴選大學校長或其他學術機關首長，幾乎沒聽過選舉當天才修改遴選辦法，這也是陷廖俊智於不義。
如今，總統府還沒拍板院長人選，又傳出中研院要聘廖俊智當特聘研究員，容易啟人聯想，讓反對派人士又有話題炒作，時機上不對。但中研院又選擇沉默，無法止謗，反而予人話柄。由浩鼎案到院長爭議，都顯示中研院的危機處理不及格，也是風波不休的原因之一。