轄有愛國者3型防空飛彈、天弓2、3型防空飛彈、鷹式防空飛彈與雄風2E型巡弋飛彈的國防部防空飛彈指揮部，將啟動指揮權調整，今年3月再度移撥回空軍轄下，單獨成立空軍防空飛彈指揮部。這將是蔡政府執政以來，國軍戰略單位首度重大移編，在共機「遠海長航」繞台將成慣例的情況下，舉措動見瞻觀，國軍凍結多時的「勇固案」，似乎有啟動的跡象。但對於雄風2E型「特種飛彈」是否隨之移編？軍方不願評論。
對此，國防部表示，相關組織調整，仍正研議當中，將依敵情威脅、作戰需求，審慎評估。但國防部強調，相關調整是基於作戰任務指揮管制、便於指揮一體的考量，「與勇固案無關」。
國軍飛彈部隊指揮權十餘年來歷經3度變革，原屬陸軍的飛彈指揮部，過去是在民進黨陳水扁執政時期，國軍為發展「不對稱作戰」，因此比照中共二砲部隊，為飛彈部隊設計仿若第四軍種位階與指揮層級，獨立而成國防部的戰略單位；而在國民黨馬英九執政後，前國防部長嚴明擬定「勇固案」，就開始建案將直屬的飛彈指揮部併編回空軍，但勇固案遭立法院擱置後，此案也連同遭到擱置，如今將在蔡政府任內付諸施行。
據指出，飛彈指揮部併編入空軍後，初期單獨成立防空飛彈指揮部，指揮官維持少將，與指揮官編階同為少將的空軍防空砲兵指揮部平行，未來第二階段將再把兩個指揮部合併。
空軍司令部今年製作2017年官版桌曆，就將防空飛彈指揮部所屬的愛國者、天弓防空飛彈置入，與防砲指揮部的麻雀飛彈、三五快砲等裝備，在同一頁面上作為桌曆主角。
共軍遠海長航機艦繞台期間，空軍作戰指揮部兩度啟動「聯翔操演」，均由空軍作戰指揮部主導，結合機艦、預警雷達，與防空飛彈，共同實施戰備。
目前空軍管轄樂山長程預警雷達與北部、東部兩座飛彈預警中心，飛指部所轄的愛國者3型與天弓2、3型防空飛彈，是我國飛彈防禦體系主力反制裝備，若中遠程飛彈不在空軍轄下，指揮機構疊床架屋，防空飛彈全數歸屬空軍，將有助簡化指揮層級。
國防部防空飛彈指揮部目前仍在執行愛國者2型飛彈性能提升及採購愛國者3型飛彈，以及代稱國軍陸基防空飛彈系統的天弓3型防空飛彈接裝計畫；此外代號「戟隼專案」接裝雄二E型特種飛彈系統，已到尾聲，並陸續服役。對於「特種飛彈」是否一併移編空軍，軍方不願評論，當時在「勇固案」中此節並沒有明確指導，但強調3月份飛指部將「全部移編」。