為刺激國內投資，我國實施兩稅合一制近20年，除效果不彰外，更累計逾兆元稅損，對所得重分配也產生負面作用。觀察國際趨勢，多數國家已廢除兩稅合一制。對此，財政部表示，目前仍在徵詢各方意見，最快明年上半年推出相關稅改方案。
為消除股利重複課稅的疑慮並刺激國內投資，自1998年起，財政部實施兩稅合一完全設算扣抵制度。但根據賦稅署統計，截至2013年止，累計可扣抵稅額高達新台幣1.1兆元，平均每年稅損761億元，嚴重影響財政健全。
政大財政系副教授陳國樑認為，如此優厚租稅優惠的兩稅合一體制，國際資金卻享受不到，因此降低外人的投資意願；而每年近千億元退稅，絕大多數落入高所得者的口袋或房地產，並未再次投入股市，使家戶所得分配惡化，投資亦未顯著增加。
根據財政部2013年委外報告，34個OECD會員國，僅剩5個國家實施完全設算扣抵制，而英國、韓國則採部分設算扣抵制，至於歐盟早在2007年就全數廢除兩稅合一制，顯見廢除兩稅合一已為國際趨勢。
KPMG安侯建業稅務投資部專業組織策略長張芷認為，兩稅合一制雖是消除股利重複課稅的手段，但台灣實施以來，對促進投資、優化投資環境並無助益，更使國庫減少稅收逾兆元，的確有檢討的必要。
針對兩稅合一扣抵稅額，財政部表示，本國人有50％可扣抵，但外資一毛都不能抵，反而不利外國股東；根據賦稅署調查，本國投資人股利所得稅率約14.81％，至於企業獲配股利，須課徵營所稅17％，加徵10％未分配盈餘後，實質稅率約25.3％，與外資就源扣繳20％相去不遠。