漁業署查辦護主權船隊的「海吉利」號涉嫌違規捕魚，正反看法也交互邀盪；有人認為護主權船隊是為台灣人發聲，做了政府該做的事，應以政治問題處理，此舉是在「找碴」；有人認為主管機關依職責查辦，若對違法視而不見，就是失職。
「『護土勇士』是為了台灣的主權、尊嚴，為漁民更為政府，政府以違規捕魚要查辦護主權漁船，真是『小鼻子、小眼晴』，太沒格局了！」保釣先驅林孝信的遺孀、成大公共衛生研究所教授陳美霞說，國際仲裁結果太平島從島變礁，台灣在國際上受到極度不公平、不合理的待遇，護主權漁民用勇敢的行動為台灣人民發聲，讓全國人感動、興奮。
護主權船隊返港時，陳美霞帶同「南海行動聯盟」成員前往迎接，讚稱是「勇士」；她說，早年和先生參與保釣運動，被當時的國民黨政府列入政治「黑名單」；這次民進黨政府執政後，原本期待展現大格局接納民意，有7成民意希望蔡英文登島，最後只登軍艦宣示主權，讓人失望，漁民做了多數民意希望蔡英文做的事，應以政治問題看待並處理，若要查辦開罰「自己人」，徒招惹眾怒。
「政府不用實際行動宣示太平島主權，反而用力調查護主權船隊是否違法，讓人搖頭！」屏東琉球區漁會總幹事蔡寶興說，漁民自發性到太平島宣示主權，全國上下應不分藍綠支持力挺，漁業署事後卻以報紙報導指海吉利號涉嫌違規捕魚，要依法查辦，大家看在眼裡，罵在心裡。
他說，對「海吉利」號被懷疑違規捕魚，他很清楚，活魚運搬船船上沒有任何漁具，請問如何捕魚，研判是記者和船長通話時誤解，他樂觀認為，等船長向漁業署說明清楚並調查後，應該不會有事的；但當下這個發文查辦的動作，已給外界「找麻煩」的負面感覺。
「一個公民運動不管動機、過程如何，只要違反現行法規，主管機關若不查辦就是失職！」屏東選區的民進黨立委鍾佳濱說，身為公民運動的暢議者，事前就該盤算要付出的代價和成本，訴求表達完後，也要接受該承擔的後果；「重機車族」騎上國道表達抗議，事前都知道會被開罰，事後也欣然接受罰單的後果。
他說，他肯定漁民自發性組船隊到太平島宣示傳統漁場主權的行動，但活魚運搬船有它法定的管理規定，一旦違反規定，主管的漁業署若視而不見，其他守法的漁民會怎麼想，還有違法失職的問題，漁業署在做他們該做的事，不能用「找碴」看待這次的查辦動作。