台二十六線問題，引發台東與屏東兩縣爭議，屏東縣政府堅持認為開通公路恐影響阿塱壹古道生態，認為「不必蓋了」。此回應，引起台東方面極度不滿，其中，進出阿塱壹古道唯一要道的南田村痛批表示，「台東端回歸縣道，就封路管制」。
「不要像黑道一樣威脅」，屏東縣政府發言人黃建嘉說，一旦台26線開通後對生態將是不可逆的過程，屏東縣政府尊重台東縣政府的決議，而如果封路管制也請台東縣政府要接受社會公評。
台東縣達仁鄉南田村長楊陳田龍說，屏東縣政府劃定自然保留區以來，他們就不能隨意進出原來有部落的傳統領域，古道觀光效益也都是屏東在賺，對部落一點也沒有好處，反而留給南田垃圾和噪音的污染。
他強調，台二十六線屬於中央公共工程，一個縣就能阻擋凌駕於中央，這是天大的笑話，如果台二十六線真的不蓋了，那完工的台東南田段，也沒有必要存在，應該就從省道，回歸為縣道，成為原來的山地管制區，由部落管理，進出車輛都必須管制，也保護部落的傳統領域。
台東縣副縣長陳金虎表示，「屏東縣政府不想雙贏，只想獨贏」阿塱壹古道和台二十六線路徑彼此根本不受影響，其實，公路開發面積僅二公頃，環評通過了，公路總局也修改設計了，屏東縣政府卻一再混淆視聽，如果真的要保護阿塱壹古道，從墾丁到旭海的台二十六線，就應該封路管制，答案應該很明顯。