三峽工程對於重慶市近期和遠期所造成的危害都是非常明顯和嚴重的。三峽工程對湖北省、長江中游地區的危害也不小。由於三峽工程的各種危害不斷出現和加重，中央軍委批准總參抽調一個團兵力保衛「三峽」安全，包括四組地對空導彈、一大隊陸軍直升機、八艘巡邏快艇、二十四支機動快速反應中隊等，全部兵力四千六百人編製。
中共國務院三峽保衛令暗示重大隱患
《財經》副主編羅昌平在微信上發表文章，解讀2015年國務院發布命令，海陸空立體保衛三峽條例，偏偏將重慶排除在保衛工作之外，此舉正凸顯了三峽的一大隱患。
2015年9月16日，李克強簽署國務院令，公布了《長江三峽水利樞紐安全保衛條例》(以下簡稱條例)，自2013年10月1日起施行針對三峽工程的海陸空立體及從中央到地方四級防衛條例。此條例的發布，凸顯長江三峽水利樞紐的危險增大。
條例共7章41條，分為總則、陸域安全保衛、水域安全保衛、空域安全保衛、安全保衛職責、法律責任、附則。引人關注的是，條例還明確了從中央、湖北省、宜昌市到三峽樞紐運行管理單位的四級安保工作協調機制，確定了牽頭責任主體和重點職責。條例明確了長江流域各港口碼頭以及進入三峽樞紐安全保衛區船舶的相關安全保衛職責，強化了碼頭和船舶管理責任人的安全責任制，從源頭上預防、消除威脅三峽樞紐的安全隱患。
三峽工程分布在重慶市到湖北省宜昌市的長江幹流上，但是條例似乎排除了重慶市參與安全保衛的資格。這正顯示了三峽工程的一個危險性。據維基百科稱，三峽工程對重慶市造成多重危害：
1、新重慶地區的貧困問題
作為三峽庫區於1997年和併入重慶的15個區縣因移民造成嚴重失業，貧困問題嚴重，而由於這些城市併入相對發達的重慶，更造成重慶市城鄉極為懸殊的經濟差距(2009年達到了500%)。三峽工程上馬導致庫區2000多家企業被關閉，失業者大增。庫區經濟以“吃財政飯”為主，稅收持續下降。屬於三峽庫區的萬州當地城鎮失業率8.1%，21.9%的城鎮移民靠低保生活。三峽庫區的涪陵及其以下8個區縣，當地城鎮失業率8.95%，人均GDP是重慶主城9區的20%不到，全國平均水平的50%。很多移民和搬遷安置款項至今沒有到位，造成了重慶主城區與三峽庫區居民嚴重的對立情緒和衝突。
2、泥沙淤積和水位問題
長江上遊河流所攜帶的除了泥沙，還有顆粒較大的鵝卵石，在三峽大壩築起後將極難排出，會造成堵塞，並向上游延伸，進而影響重慶。與泥沙淤積問題同樣極具爭議的，還有水位問題。在三峽蓄水至135米後，有人發現從大壩到庫尾之間的水位落差多達34.7米，遠遠超過了工程論證報告認為的0.4米，因此擔憂重慶可能會在三峽完全蓄水後被淹沒。三峽大壩可行性論證中關於水庫水力坡度的論證被認為存在錯誤，因此會造成更多淹沒地區和移民數量。
3、生態環境問題
三峽工程對環境和生態的影響非常廣，其中對庫區的影響最直接和顯著，對長江流域也存在重大影響，甚至還有人認為三峽工程將會使得全球的氣候和海洋環境發生重大變化。
庫區人們對三峽工程影響環境的最大擔憂來自於水庫的污染。目前三峽兩岸城鎮和遊客的排放的污水和生活垃圾，都未經處理直接排入長江。在蓄水後，由於水流靜態化，污染物不能及時下泄而蓄積在水庫中，因此已經造成了水質惡化和垃圾漂浮，並可能引發傳染病，部分城鎮已在其他水源採集生活用水。同時大批移民開墾荒地，也加劇了水體污染，併產生水土流失的現象。重慶三峽庫區污染問題有七成是農業生產以及農民生活對環境造成的污染，已經大大超過了工業污染水平。
4、地質災害問題
三峽大壩蓄水容量(庫容)為100億立方米以上，由於壩底壓力巨大，滲流要比蓄水前高很多，不僅影響地下水水位，還會對周圍地質條件產生影響。由於三峽兩岸山體下部未來長期處於浸泡之中，因此發生山體滑坡、塌方和泥石流的頻率會有所增加。由於三峽工程建設過程中大規模的開山動土，使本來就脆弱的三峽生態環境，更雪上加霜。造成庫區周圍的建築裂縫，山體滑坡加劇。由於三峽工程而新建的新縣城比如湖北的黃土坡和奉節的寶塔坪都由於嚴重滑坡，使新縣城不得不轉移陣地，但是由此也造成巨大的經濟損失。另外三峽工程誘使庫區周邊的地震多發，據統計，自2003年蓄水以來，奉節發生地震14次，最大震級2.9級，其中五次為有明顯震感的地震。水庫誘發的地震一般發生在近壩區，它和普通地震的最大區別是：震源更淺、破壞性更大。而為了治理這些災害，截至2010年3月中國已經花費了120億元人民幣。重慶山下庫區近一半的地區存在水土流失，石漠化嚴重。三峽庫區重慶境內有超過一萬處隱患點。截至2010年已發生地質災害(險情)252處。截至2010年5月，自三峽工程175米試驗性蓄水以來，新生突發地質災害增多。庫區共發生形變或地質災害災(險)情132起，塌岸97段長約3.3公里，緊急轉移群眾近2000人。在二、三期地質災害防治規劃範圍外已發生新生突發性災(險)情30多處。
從以上資料可以看出，三峽工程對於重慶市近期和遠期所造成的危害都是非常明顯和嚴重的。三峽工程對湖北省、長江中游地區的危害也不小。由於三峽工程的各種危害不斷出現和加重，中央軍委批准總參抽調一個團兵力保衛“三峽”安全，包括四組地對空導彈、一大隊陸軍直升機、八艘巡邏快艇、二十四支機動快速反應中隊等，全部兵力四千六百人編製。
5、三峽大壩的命運
1991年初，以美國為首的聯合國多國部隊，充分利用先進的科學技術的優勢，打擊伊拉克。這時，中國物理學教授錢偉長在報刊上發表了一篇文章，名為《海灣戰爭的啟示》，談到海灣戰爭和三峽大壩建設中的人防安全的關係。錢偉長文中表示，三峽水庫潰壩的危害，將使長江下游六省市成為澤國，幾億人將陷入絕境。他認為，三峽大壩將成為外部敵人威脅的目標。面對目前的導彈技術，三峽大壩的防禦是不可能的。因此，錢偉長建議，三峽工程是千萬不應上馬，否則就是干自鑄達摩克勒斯劍的蠢舉。
在三峽大壩擬議修建之初，著名水利專家清華大學教授黃萬里從地質、環境、生態、軍事諸方面痛陳三峽工程的危害，他預警了三峽水庫蓄水後卵石淤塞重慶、四川水患、浩大的工程開銷和必將釀成禍患的移民安置，並預言三峽高壩若修建，終將被迫炸掉。因此，他不被邀請參加三峽工程論證。
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