歐盟明年起針對航空運輸業實施碳交易，所有在歐洲起降的航班，都要支付碳交易費；交通部民用航空局估算，中華航空及長榮航空支付的金額分別達新台幣2.1億元及1.5億元。若確定實施，據估算，台灣到歐洲航線機票，單程上漲都超過新台幣100元。
據中央社報導，民航局說，歐盟碳交易平台原本只有針對歐盟境內的6個產業，包括鋼鐵、煉油、發電、建材、玻璃及造紙，2009年起公布將航空運輸業納入，並從2012年1月1日起開始實施，不論歐盟或非歐盟籍航空公司，所有在歐洲境內起降的航班，都要受到碳交易的規範。
歐盟要求，非歐盟籍航空公司須以2010年飛航排放量最多航線國為註冊國；依歐盟公告的資料，華航在荷蘭註冊，長榮航在英國註冊。
民航局指出，納入歐盟碳交易的航空公司，歐盟每年會依航空公司飛航資料，核配一定碳排放額度，其中85%免費分配給航空公司，15%需由航空公司付費購買。
根據民航局委託研究，歐盟實施航空運輸碳交易後，以現在營運狀況推估，2012年華航需購買的碳排放金額是2.1億元，長榮航為1.5億元。
民航局表示，實際數字還要精算，且航空公司也可能採取其他做法，例如調整飛航路線等方式，減少碳排放金額支出。
值得注意的是，華航及長榮航對未來如果歐盟確實要收取碳交易費，都傾向使用者付費，也就是由搭機旅客共同分攤。
在民航局的研究報告中，試算如果將航空公司的碳交易費分攤給旅客時，台灣到歐洲，搭華航的旅客單程要負擔140元，長榮航的旅客負擔173元，但最後實際金額仍待航空公司更詳細計算。
民航局對台灣的航空公司在國際票價只有上限管制，但現在實際售出票價都遠低於上限。民航局說，未來航空公司因應碳交易而提高票價，只要未超過上限，民航局都不會干預。
民航局認為，國際機票價格波動非常大，華航及長榮航因碳交易而反映在票價的部分其實不大，因為往往從淡季到旺季，機票價格就會倍數成長，波動幅度比起航空公司因碳交易費而可能增加的機票費用還大。