三軍都各建置有防空、制海飛彈的體系，如何整合指揮，國軍近十餘年來不同時期，不同人主政，都有不同想法。飛彈指揮部歷經多次變革，一直在陸軍與空軍之間擺盪。最近一次將飛指部直屬在國防部下，由參謀總長負責督考，是為提升飛彈部隊的戰略意義。如今再度移編回到空軍，則是因應長程預警雷達組成的台灣版飛彈防禦體系，所作的整合措施。
國軍來台後陸基防空飛彈成軍，最遠可溯自民國48年接裝美援勝利女神、力士防空飛彈，當時由陸軍管轄；民國68年正式編成陸軍飛彈指揮部；民國93年配合國軍「精進案，納入海軍岸置雄風一、二型反艦飛彈，編成飛彈司令部，改隸國防部參謀本部；民國95年國防部長李傑將防空與制海飛彈指揮權還給海、空軍，名義上仍由參謀本部管轄，稱為國防部參謀本部飛彈指揮部；但民國101年國防部長高華柱又將鷹式、天弓與愛國者等中高空防空飛彈的指揮權，整併回參謀本部。
飛彈指揮部在近年之所以維持直屬國防部的地位，主要是接裝了具備長程跨海攻陸性能的雄風2E型巡弋飛彈，這型機動式的飛彈車，伴隨指管車、飛彈車，可靈活部署機動的系統，讓飛彈指揮部具備攻勢的戰略地位，也是防空飛彈指揮部過去成為直屬國防部戰略單位的原因之一。現在飛彈指揮部即將移撥由空軍管轄，這批「特種飛彈」若也隨之移撥，未來指揮權問題如何設計，由誰指揮這型飛彈部署？是要讓空軍代管？還是另找部隊安置，讓外界好奇。
防空飛彈部隊在陸軍、空軍兩個軍種管轄權下來去，後來直屬國防部，還是陸軍為大，指揮軍官派任上多以陸軍為主，官兵為適應兩個軍種的管理風格，以及軍種軍官佔缺的問題，造成不少內耗與對立。現在飛指部再度要整併給空軍，未來還要與空軍防砲部隊合併，固然是打、裝、編、訓的考量，依據戰場需要進行整合，但初期隨之而來的軍種文化摩擦，必須妥善因應。