民眾到醫院掛號、開刀，可以多付「指定醫師費」而取得由特定醫師看診、主刀的權利。但因衛生署在十月初明令禁收，直接衝擊醫師與醫院收入，引起醫界強烈反彈，台灣醫院協會行文衛生署，要求解釋「法源」何在？衛生署則強調，收取醫師指定費就跟收紅包是一樣，違反醫學倫理，衛署是依《行政程序法》裁定禁收；民眾如被強收指定費，可向縣市衛生局檢舉。
衛生署明令，十月起醫院禁收轉床費、磨粉費、住院取消手續費、加長診療費、提前看診費、檢查排程費、預約治療檢查費、指定醫師費以及掛號加號費九項，其中禁收指定醫師費在網路的討論最熱烈。
而各醫院所收取的醫師指定費，少則數千、高則幾萬元都有，是醫師與醫院的大宗「業外收入」，但是，也形成一國多制現象。
不少醫師認為，健保明訂不給付的項目就是自費範圍，衛生署憑什麼要求醫院不能收？有人反諷，不能指定醫師最好，可讓忙碌的大牌醫師拒絕病人、充分休息，年輕醫師有機會出頭。
台灣醫院協會理事長吳德朗說，協會正式行文衛生署，希望取消禁令。民眾喜歡指定醫師開刀，覺得較有安全感，醫師只是應民眾自由選擇就醫需求，落實「使用者付費」。就像到美容院理髮，指定專業設計師費用也比較高。
私立醫院協會秘書長吳明彥指衛生署「趕盡殺絕又沒彈性」，收指定醫師費的私立醫院非常少，會就醫的民眾有「指定」的需求，也了解需要額外付費，衛生署何必因極少數醫院把醫界逼到極限？
衛生署醫事處長石崇良表示，醫療費用核定原是地方權責，當有爭議發生時，中央就有義務協調。
指定醫師費因全國廿五縣市做法不一，十九縣市不准收，台中縣市、新竹市、南投縣及彰化縣等五縣市准收，台北市以附註「另行專案核定」，全國不該一國多制，縣市「各吹一把號」。
衛生署援引《行政程序法》行使裁量權，裁定醫療院所一律不得收取指定醫師費。石崇良說，醫療院所收取任何費用都須經地方衛生局「正面表列」核准，沒有核定可收取的費用，全都不能收。
衛生署也進一步解釋，收取指定醫師費觸犯《醫師法》第四款「執行業務違背醫學倫理」，查證屬實將由醫師公會或衛生主管機關移付懲戒，最重可處廢止醫師證書。