前行政院祕書長、民進黨立委李應元力排黨內反對質疑聲浪，「破冰」到上海考察自貿區金融改革創新，經過實地參訪上海自貿區之後，李應元表示，台灣自經區的觀念落伍，手段錯誤，難以帶動台灣經濟升級。馬政府不應拿著這帖蒙古大夫的藥方，強迫全民吞下。
李應元表示，上海自貿區是政策的實驗室，以開放服務業為主；台灣自經區是給予特定業者特權的經濟特區，並以製造業為主。上海自貿區以制度創新與政府改革，進而提升貿易功能來吸引業者；而台灣自經區還是靠租稅減免，弱化政府的角色等舊思維來當作誘因。此外上海自貿區是先有一個國家的戰略布局，以引導國際經貿交流；而台灣自經區只是換取地方政治支持的零碎拼盤，片面單向對外開放。
李應元說，上海自貿區與台灣自經區的設計精神與原則，有著根本性的不同。上海自貿區的成敗有賴時間的考驗，但台灣自經區實在無法為台灣的燜經濟注入新的成長動力。
上海社科院世界經濟研究所張幼文所長在描繪上海自貿區時曾說：「自貿區的基本精神是服務不是製造，是實驗區不是經濟特區，是提升貿易功能不是降低關稅，是制度創新不是特殊政策，是政府改革不是管理弱化，是國際交換不是單方面開放，是國家戰略不是地方戰略。」
李應元表示，張幼文這段話除了描述上海自貿區的基本精神外，也狠狠的打了台灣自經區好幾巴掌，雖然他是無意的。因為台灣自經區的制度設計，剛好都是他認為在自貿區中必須揚棄的舊思維。兩相比較，格局與企圖心，高下立見。