2018縣長選戰期間，竹東垃圾山被環保團體質疑汙染頭前溪水源，要求候選人簽署喝好水公約，縣府投入1500萬餘元，花1年半將6382公噸的垃圾山全部清空，汙水處理設施預計年底完成，解除外界讓民眾喝「垃圾水」的疑慮。
新竹縣沒有焚化爐，遇到新竹市和竹南鎮焚化爐歲修，各垃圾場的垃圾很快堆積如山，環保團體質疑「垃圾水」會汙染頭前溪水源，並曾以「尋找楊文科」等標語到縣府抗議。
楊文科以BOO方式興建焚化爐，希望自主解決新竹縣垃圾處理問題，並要求環保局積極清除堆置的垃圾。
環保局指出，目前竹東和湖口堆置的垃圾均已完成清除，新豐垃圾場則打包約近6萬公噸的垃圾，將從明年開始以5年時間來完成清除，不過，新竹和竹南焚化爐10月歲修後，竹東和湖垃圾場還是會陸續堆置垃圾。
竹東清潔隊長彭朋喜說，垃圾場底部早年有舖不透水布，預防廢水滲漏影響地下水，垃圾山花了1年半時間全部清除後，將以環保署補助的252萬元，修復損壞的汙水處理等設備，預計年底完成。
竹東垃圾場的廢水會不會滲透流到4公里外的頭前溪？竹東鎮公所主秘張瑞龍說，公家和民間都沒有做過實際調查，也沒有任何資料數據佐證垃圾廢水滲漏汙染頭前溪，但竹東屬於水質水量保護區，就會讓環保團體提出質疑。
台水三區處副處長王亮中表示，合法垃圾場底部只要有做不透水層，避免廢水滲透，同時有做汙水處理設施，廢水符合工業區的放流水標準，是可以合法排放。
新竹地區民生用水多取自頭前溪，從隆恩堰取水口進到新竹淨水廠處理，是否有被「垃圾 水」甚至「洗屍水」汙染？一直是地方關心的議題。
王亮中指出，三區處有兩套機制對水質做24小時監測，加上環保署和縣市環保局不定時檢驗，均證實新竹地區飲用水的水質安全無虞，相關檢測數據都公佈在該處網站，民眾可上網查詢。