由於藍翔與大陸軍方具有密切的關係，藍翔在管理上至今還沿襲著「封閉式教學、準軍事化管理」的治校方式，藍翔創辦人榮蘭祥表示，藍翔光是管理規章的書就有厚厚4大本，儘管外界對於藍翔管理學生的方式多有質疑，但榮蘭祥還是不為所動，他認為「這樣訓練出來的孩子，最能吃苦」。
藍翔除了讓外界覺得有神祕色彩外，還以管理嚴厲出名。新生入校後，必須接受為期半個月的軍訓課程，每天清晨6點10分，全校學生就會以班級為單位進行晨跑操練，榮蘭祥指出，這也是當年藍翔與部隊合作辦學時延續下來的，對於提升學生士氣很有必要。
另外，藍翔所有的教室、圖書館、餐廳以及公共空間都安裝了監視器，與該校南院的接待大廳的電子螢幕連接，學校督導處的老師可以通過這些電子螢幕，隨時評估和抽查正在上課的老師和學生們的課堂情況，以確保教學品質。
榮蘭祥所制定的管理模式，讓學校每位教職員工的工作量，可以精確到以天來計算，儘管這種「日工作量」的制度被批為不近人情，但榮蘭祥卻認為可以保證藍翔這座「機器」能以精確的方式運轉。
但榮蘭祥並不覺得這有何不妥，他認為，部隊的管理方式有很多值得學習的，「我們的學生不是放養式管理。這樣的管理其實最受益的是學生和家長，最費事的反而是老師和學校」。
為了讓所有師生遵守規定，藍翔的各個教學大樓會懸掛著《教職工思想品德及行為規範》，包括要求教職工不得接受學生或其家長、親屬的吃請或禮物，包括吸支菸也不准。一直到現在，就連榮蘭祥也都必須遵守著各項規定辦事，他指著那4本管理規章說，「制度就是制度。1個學校不能採用兩個制度，大家就都是一樣的，沒有例外」。