包租代管執行成效不如預期，業者分析，最關鍵原因是長年沒有報稅的房東，擔心加入包租代管後，租賃契約會被國稅局掌握而要求追繳過去稅款，且往前核課最長達七年，這才是包租代管最大阻力。
依稅法規定，應由稅捐機關依稅籍底冊或查得資料核課的稅捐，核課期間為五年，從該稅捐所屬徵期屆滿的次日起算，若納稅義務人故意以詐欺或其他不正當方法逃漏稅捐，核課期間可達七年。
房產業者指出，包租代管的免稅額與補助費都須依「租約」走，將租約彙整給稅捐機關後，再申請免稅額度與補助金額給房東及包租代管業者；但這等於將房東最在意的「秘密」直接攤開給稅捐機關，萬一被追稅，租賃所得扣掉必要費用後、納入房東所得課稅，若以月租金約四．五萬元推算，一年約得補繳三到四萬元，若是多戶出租的房東「壓力」更大，難以因免稅額誘因而去包租代管。
清華大學科技管理學院榮譽講座教授張金鶚表示，若不終結「租屋黑市」，對租屋族來說相當不公平，政府可建立「吹哨條款」，讓更多房東得依法繳稅、租戶可申請租金補助，也可提升包租代管的參與戶數，而非一味透過補貼房東，立法讓租約不得拿來當作追稅依據。