陽明大學在邁向頂尖大學計畫中獲得多期經費，經費最高時甚至達10億元，但在高教深耕中僅獲得每年3億元的經費，校長郭旭崧認為雖然短期不會有影響但中長期會影響校務發展，因此成立小組討論中長程的規劃，目前學校方向包括維持現行狀況、與其他非學校單位合作、擴校及與其他校併校等，而外界關注的併校目前清大與交大則有正面回應。
日前陽明曾與交大談論過併校一事，但因事前保密到家，公布後引起多方疑慮，雖然交大校務會議已經通過合校備忘錄，但陽明大學師生反彈聲浪大，未能在校務會議上通過合校備忘錄，合併案告吹。
交通大學主任秘書裘性天表示，先前交大包括在校務會議也通過併校備忘錄，代表「校方同意這件事」，目前僅待陽明大學校務會議通過就可以啟動併校的相關細節與討論。
清華大學主秘呂平江則說，8月時陽明大學校長親自來清大拜訪，未來也會持續與教師與學生溝通，而陽明大學希望用公開、透明的方式啟動討論與併校程序，校內也是樂觀其成，學校將會成立小組因應此事，他也說，其實多年前陽明也曾與清大討論過併校事宜，「雙方學校互補性很強」。
至於擔心與竹教大併校時反對聲音湧現？呂平江則說，併校後校內的聲音大多持正面看待，尤其目前全世界各國都推動學校合併，清大極力爭取，不放棄任何機會，讓學校往頂尖邁進。