隨著抗生素的大量使用，細菌有了一套自己的演化與選拔機制，天生對抗生素有抵抗性（antibiotic resistance）的細菌存活下來，將帶有抗藥性的基因代代傳遞與繁殖，這些基因往往位於游離的基因載體上，例如質體（plasmid）或跳躍子（transposon），細菌也透過各種機制，互相分享不同種類抗生素的抗藥性基因，讓抗藥性基因在細菌界中快速傳遞，這些菌株引起嚴重且難以控制的感染。
多重抗藥性金黃色葡萄球菌（Multiple-resistant Staphylococcus aureus，MRSA）是最惡名昭彰的菌株，在醫療場所引起嚴重的院內感染，幾乎沒有抗生素可治療。
過去大多數抗藥性研究主要針對「醫源性」造成的抗藥性，但近來有學者發現，抗生素在農業生產上的用量已遠高於人類醫療使用，很有可能是人們產生抗藥性的源頭。
統計指出，中國大陸養豬業每年產生6億公噸豬隻排泄廢物，生產過程中使用的抗生素被排出，人們再將排泄物作為堆肥使用，使得抗生素進入土壤與水源，進而影響整個食物鏈，讓抗藥性基因穿梭於生態界中，人們對抗生素的高度依賴及常規用於農牧生產過程中，沒想到卻提供抗藥性細菌絕佳的環境大量繁衍，使得醫用抗生素選擇愈來愈少。
濫用農業抗生素是造成抗藥性主因，若要對付抗藥性細菌，得先知道抗藥性基因在食物鏈如何傳遞。豬隻在農牧業中是重要產食動物，澳洲雪梨科技大學教授Steven Djordjevic分析豬隻腸內正常菌叢及抗生素與腸道菌叢作用關係，破解了抗藥性基因問題。
一般而言，大腸桿菌是環境中的常在菌（Normal flora），但特定菌株卻造成嚴重疾病，其中腸內毒性大腸桿菌（Enterotoxigenic Escherichia coli，ETEC）感染豬隻會造成下痢，在全球養豬業造成嚴重經濟損失，ETEC多種血清型（serotypes）都將引起豬隻下痢。
血清型O157為具多重抗藥性的大腸桿菌，而不同品系的細菌也有不同致病機制，ETEC O157 SvETEC主要感染離乳期前後的仔豬，曾在澳洲新南威爾斯（New South Wales）引起感染，屬相同血清型的ETEC O157:K88 734/3則引起新生仔豬下痢。部分大腸桿菌一旦污染食物，可能引起人類消化系統或泌尿系統嚴重感染，腸出血性大腸桿菌（Enterohaemorrhagic E. coli，簡稱 EHEC）O157:H7即是引起食物中毒常見菌株。
研究團隊進行基因組分析，比較兩株腸內毒性大腸桿菌與腸出血性大腸桿菌之間的關聯，發現ETEC O157 SvETEC以及O157:K88 734/3的基因組成相當接近，而且發現兩者都帶有多重抗藥性基因，對於許多現行使用的抗生素都有抗性，像是常用合成青黴素（Ampicillin）、四環黴素（Tetracycline）以及新黴素（Neomycin），研究也發現兩株大腸桿菌與感染人類的EHEC O157:H7親緣關係並不接近，但是仍有部分基因序列相似。
目前最新研究已可分析出特定大腸桿菌抗藥性基因，並初步繪製出大腸桿菌譜系圖。建立在研究基礎上，研究團隊未來將進一步分析抗藥性基因的精確位置，以及這些基因與游離的基因載體之間的關聯，試圖找出對付抗藥性細菌的關鍵，抗藥性問題可能將獲得解答。（本文由基因線上GENE ONLINE提供）