侵犯外分泌腺體的自體免疫疾病會使身體某系統或器官發生乾燥的現象，萬芳醫院過敏免疫風濕科主治醫師廖顯宗指出，乾燥症往往是一些嚴重的自體免疫疾病的先兆，常被延遲診斷，且由於免疫系統失調，使得B淋巴球惡性病變，導致患者未來併發淋巴腫瘤的機率增加。
臨床症狀方面，醫師指出，眼乾的患者早期常出現眼睛乾澀、異物感、結膜紅腫、分泌物黏稠，病情嚴重者可以引起角膜炎、角膜潰瘍；口乾的患者常有火氣大、口腔燒熱感、口腔黏膜乾裂疼痛、味覺改變的主訴，漸漸的出現吞嚥困難、說話容易沙啞、蛀牙增加、或發生牙周病、口腔念珠菌感染。患者也可能有淚腺和唾液腺種大。而侵犯到其他腺體時，會有皮膚、氣管、陰道乾燥等症狀。
除了乾燥症狀以外，病人也可能伴隨有倦怠感，關節肌肉疼痛或全身器官之侵犯：如皮膚血管炎，神經病變，呼吸系統病變，腎病變，甲狀腺病變，及心臟病變（心包膜積水）等。對於自體免疫致病機轉的控制，最常使用的疾病修飾抗風濕藥物為一種抗瘧疾藥物。如果有全身性的器官侵犯，可以使用非類固醇消炎藥治療關節肌肉疼痛，但若有血管炎、神經病變、間質性肺炎、腎病變等，則需要使用類固醇或免疫抑制劑來控制器官的病變。