國營色彩鮮明的台肥公司與國稅局爆發「補稅」爭議，台北市國稅局認定，台肥海外投資所得不能扣抵稅額，必須補稅，台肥則質疑，國稅局認定標準「前後不一」，將申請複查。
如果國稅局不撤銷原議，依據台肥公司自行推算，未來補稅金額將高達廿億三千二百多萬元。
台灣證券交易所說，依規定上市公司稅後純益變動數超過一千萬元、並且占營收比例逾百分之一，或實收資本額的百分之五，就必須重編財務報表，台肥是股票上市公司，如果確定必須補稅，而且補稅金額影響獲利數的程度達到以上標準，證交所將勒令台肥重編財報。
台肥昨晚召開重大說明會，副總經理許繼文說，台北市國稅局審查台肥九十七年度的營利事業所得稅時，認定轉投資海外公司（朱拜爾）所繳納的境外所得稅，不能扣抵營利事業所得稅。
國稅局因此核定台肥九十七年度與九十四度必須補稅各十一億二千八百萬元；如果依照國稅局的認定原則，那麼九十五、九十六與九十八年度都應補繳，總稅款約十四億六千八百多萬元，合計從九十四年度至九十八年度，台肥應補繳稅款超過廿億元，不過國稅局尚未核定。
許繼文說，國稅局審核九十四年稅款時，認定境外所得稅「可以」扣抵國內的營利事業所得稅，審核九十七年度的營利事業所得稅時，卻又認為「不可」核銷；國稅局審查標準前後不一。
針對爭議，北市國稅局官員說「個別案情不便說明」，不過依稅法，國內公司轉投資海外公司，海外公司發放股利所得須併入國內所得課稅。官員說，台肥投資海外公司，其身分是海外公司的股東，台肥在海外投資所分配的股利應該併入「國內所得」課稅，時，如果股利已預先扣繳稅，在國內繳稅時也可扣抵，但不能以海外公司繳納的「營業稅或營所稅稅」扣抵。