這一次政權輪替，交接期間長達四個月。民進黨醞釀提出「政權交接條例」，用意無可厚非，但內容除了規範行政交接作業，還包括限縮總統和行政院職權。令人不禁質疑，這個條例到底是要讓政權平穩過渡，還是要用來羞辱即將下台的馬政府。
首先在政治效果上，現在國民黨和民進黨對相關內容的看法有顯著差異。民進黨說要與府方會談時討論立法，還說國民黨應該不會反對。但府方並不預期會討論這個法案，國民黨也對交接期限縮行政權有不同看法。可以預期，立法院新會期開議後，朝野又將為此爭吵不休。
在法律上，限縮總統和行政院的權力也有疑慮。總統和行政院的權力是憲法所賦予，前者法定任期就是四年，有「決定國家安全重大方針」之權。以法律剝奪總統和行政院的職權，不僅不合理，更可能違憲。畢竟四年前選出的總統，交付的就是四年任期。
這次南部強震，更應驗一旦限縮總統、行政院的權力，可能造成的不利影響。無論政府看不看守或者過不過渡，維持一個完整政府運作，都是國家所需。別說地震，誰又能斷言過渡期不會有兵凶戰危，或其他重大天災？一旦以法律限縮行政權，要由誰來負責？
總統的職權是完整的職權，即使是副總統都不能分享權力，用交接條例限縮總統職權，就是一種荒謬的現象，好像是當選未就任的總統，可以對還在任的總統指指點點，交接條例要分割總統權力，這種立法將開惡例。
台灣從2000年以來，已經多次政黨輪替，朝野並無所謂政權交接條例，政權過渡期間並未發生重大爭議。憲政體至要運作無礙，除了憲法和法律層面，更要靠政治人物自我約束，建立起良好政治慣例。全部依靠法律，只是法匠，徒增困擾。