動物園表示，黑腳企鵝全年都能繁殖，繁殖季高峰期在2至8月，換羽後的黑腳企鵝開始兩兩配對，因為2002年引進後繁殖狀況良好，族群數量漸增，企鵝館原本提供繁殖用的人工洞穴已不敷使用，黑腳企鵝為搶占築巢空間，常打得傷痕累累，較強勢的還會驅趕先入住的企鵝。
黑腳企鵝的展示面有5個人工洞穴，位於中間的3號洞穴最熱門，住房率最高，也是每到繁殖期大家必爭的黃金地段。為減少黑腳企鵝因搶奪巢穴受傷，並有舒適的繁殖環境，3名保育員自行設計8個活動組合屋，目前已7戶入住，加上展示面的2對，共9對速配成功，其中3對已各產下2顆蛋。
動物園表示，一夫一妻制的黑腳企鵝幾乎不會換伴侶，下個繁殖季與原來伴侶配對的機率很高。黑腳企鵝公母會輪流孵蛋、一起育雛，企鵝蛋的孵化期約38至42天，保育員提供海綿、石頭做為築巢材料，黑腳企鵝都會咬回家當布置品。