今年3月高屏溪發生野生候鳥肉毒桿菌中毒事件，在3月11日大清除後，鳥友仍零星發現死亡的野鴨屍體；高雄鳥會呼籲市府應即刻建立標準作業流程（sop）以面對未來可能發生的事件。
今年3月發生野生候鳥集體肉毒桿菌毒素中毒死亡，高市農業局在3月1日動員近45名人力，清除772隻鳥屍，救援25隻染毒雁鴨，染毒雁鴨全數送往高雄市動物保護處照養，但因國內肉毒桿菌素血清相當稀少，僅用於黑面琵鷺肉毒桿菌毒素中毒用，目前僅3隻存活。
「高屏溪案例絕不是單一案例」高雄鳥會認為，高屏溪中毒事件發生初期，各單位敏感度都不夠，只有少數學術和民間團體個人自動自發清理、救援病鳥，直至疫情持續擴大才向政府部門求援，主管高屏溪流域第七河川局也在狀況外。
農業局說，禽鳥肉毒桿菌毒素中毒最主要原因環境長期處於無氧狀態，致肉毒桿菌大量增生產生毒素，禽鳥誤食含有毒素的水生動物造成中毒死亡，已請水利署第七河川局基於高屏溪主管機關的權責，隨時派員，持續巡查監測發生禽鳥中毒區段，並做好高屏溪上下游水汙染管理。
近期將邀中央相關單位、學界及生態保育團體召開會議研商相關措施。