從服貿協議到自由經濟示範區，反對論述主張，開放將造成醫護人力外流與健保資源稀釋，台北醫學大學董事長李祖德強調，醫療專業會為自己生涯做最好選擇，不去示範區，也可能去別的地方，例如醫美診所、新加坡，台灣應該從戰略角度，思考國際醫療專區功能。
近來，醫療人才外流現象逐漸受到關注，新加坡到台灣挖角醫護人員，台大醫師柯文哲也表示，台灣醫師到大陸醫院開刀的「假日飛刀手」現象。
「台灣在生技製藥、醫材與醫療服務，都頗具競爭力，台灣生技製藥研發能力很強，但母國市場太小，透過兩岸醫療協議，讓新藥最後階段的人體試驗移到中國大陸做，讓前段的新藥研發根留台灣」。他很擔心，在政府缺乏具體政策下，相關人才只會逕行出走，甚至是整個公司技術往外移。
有鑑於台灣經濟政策，常常因民粹轉彎，李祖德這段期間常常投書媒體，早在去年七月就在日報投書「由新鮮人投資自己 看服貿協議」，「當時我已經預見服貿議題，會在大學生裡面發酵，服貿議題當初若好好去面對，我相信今天不會這樣」李祖德感嘆。
李祖德說，台灣的醫療輸出，不能只是醫療人力的輸出，他曾在國家生技會議上主張，台灣醫療產業輸出，必須結合醫療管理與資訊系統，「醫管是建置平台，出去要與當地業者合作，但我的意見有很多人反對，然而，台灣短視莫此為甚！」
李祖德說，台灣產業政策「沒有戰略，只有戰術」，不強調舞台，只專注技術，但沒有舞台，技術是無效的，醫護人員技術就像三大男高音一樣，必須有好的舞台，否則唱野台戲也唱不好。