二代健保預定明年上路，儘管衛生署版本定案，但行政院決策高層與執行部會仍存歧見，由其納入股票股利、現金股利等短期波動大的機會稅，對長期改善健保財政仍幫助有限。另在二代健保費率調整部分，已有財經部會併衛生署版本建請比照基本工資月薪「有條件」辦理。該等建議案仍將呈報行政院定奪。
立委與財經部會建言指，衛生署並無證券市場交易實質面經驗，而股票股利「非實得現金」，且屬機會稅，最後此部分恐只有手上持有許多雞蛋水餃股、套牢的、參加除權的散戶因為政策而要課補充保費；雖基於母法精神放入，但對長期改善健保收支平衡幫助有限，根本問題仍在健保需先管控預算以及加強宣導國人勿過度濫用。
另一方面，基於勞委會早先曾呈報基本工資月薪調幅最後以經濟情勢嚴峻「有條件」通過(須連2季GDP大於3%或連2月失業率小於4%)。國會已要求衛生署比照前述案例參考指標意見納入「調高健保費費率」考量。
在不只上述部分存在著爭議，行政院跨部會小組仍將嚴格審核。行政院決策高層並指出，不是衛生署拍板就算通過，細節部分仍要財經部會一起討論，並聆聽民間聲音。