行政院會26日通過行政院版的證所稅修法方案，政務委員管中閔宣布，自然人部份只針對證券交易所得課稅，門檻從原來版本的300萬元提高為400萬元，稅率為15%到20%，由行政部門訂定。財政部長劉憶如表示，個人的期貨交易部份將不會納入修法；法人方面，根據最低稅負制，目前已經納入其中。對於行政院版本最後決定個人免徵期所稅，管中閔指出，證券市場是透過交易增值，課稅屬於合理範圍，但期貨市場是零和遊戲，所以予以排除。管中閔說：『期貨市場和證券市場最大的差異是證券市場透過交易可以創造新的價值，所以針對新創造的價值課稅是合理；期貨市場是零合的市場，換句話說是一邊得一邊失，所這是選擇為甚麼不針對期貨所得課稅的基本論述。』
不過證所稅議題從一開始就引發各方爭議，企業界和多位立委堅持主張證交稅應該調降，並質疑如果以國內1600萬開戶數來計算，將有1%，也就是160萬戶投資人受到影響。管中閔強調，行政院的立場就是不會更動證交稅「這個立場至今沒有改變」。劉憶如也指出，目前國內開戶數約1200萬戶，排除重複開戶之後大約890萬戶，以個人扣除額400萬元來計算，受影響的戶數將不到1%。劉憶如說：『需要繳交證所稅的人，在市場裡面根據我們估計，大概在2萬人以內，不過依據每年的景氣情況不同。』
面對近期台股成交量下跌，民進黨立委薛凌質疑，可能有股市操盤手利用機會買空賣空，如果沒有配套措施，可能造成股市再崩盤！薛凌說：『這段時間社會付出的成本跟短收的稅收，如果這方案沒有好好制定，我想會有不好現象，再來如果市場亂成這樣，也有人會買空賣空』。劉憶如對此指出，近期外界有許多不正確的訊息，尤其從91年至今，每一年的成交量都有很大落差，顯示台灣股市經常受到不確定性因素影響，如今方案已經推出，希望接下來能盡量對外說明，證所稅開徵對市場的衝擊其實並不大。劉憶如舉例：『我們每一年左邊和右邊都差得非常大，高的時候譬如可以高的月份可以高到2200(億元)，有的月份可能只有600(億元)，所以範圍非常大，所以每一年裡面有非常多的月份，它在100以下，可能有900甚至到400，十年來都是這樣沒有例外，最近的成交量平均還是700多億。有些人拿它和2月的最高點那天來比較說「我們掉了一半了」，然後因此說「平常都是1000，明年會變成500」，我覺得這個講法是非常非常不正確的。』
薛凌進一步質疑，政院版本排除外資，會出現假外資的現象，還會讓台灣變成國際間的提款機。薛凌說：『外資不課的話會有假外資現象出來，如果是說開這小門的話，以後我們會變成國際之間成為別人的提款機』。劉憶如則解釋，在台灣有營業處所的外商也要課稅，只有境外法人才不課稅，「這是國際慣例」。劉憶如說：『大部分國家都是有課徵證所稅的，他們對自己國內的個人、法人課徵證所稅，可是他們對境外的這種法人，也是全部都沒有課徵證所稅，就像我們自己台灣到海外去買股票，人家也沒有收我們的證所稅，所以這是一個國際慣例。那甚麼叫境外法人呢？就是在台灣沒有營業處所，可能從來沒有來過台灣，所以像這樣在國際慣例上是全部都沒有課稅的。』
不過算一算時間已近5月初，立院法定會期只到5月底，國民黨政策會執行長林鴻池已經表明不會加開臨時會處理，行政院秘書長林益世日前也私下估算，這會期要通過「困難很大」，國民黨立委盧秀燕認為要拖到11月才能處理，這段時間恐怕還有很多變數，最後甚至可能不了了之「只是把面子做給財政部」。盧秀燕說：『我說今天是面子做給了財政部，但是裡子就是保留給社會大眾，表示行政院和總統府應該有聽進、覺得這裡面還是有很多疑慮』。林益世對此認為，行政院的原則就是儘快送出，有了其他立委的版本才能綜合比較「趕快定案才有應對和反應的方向」；閣揆陳沖和劉憶如也認為應該「儘快去除股市的不確定因素」，陳沖指出：『包括79年提這個問題時、84年提這個問題時，市場都有反映這種憂慮，因此如果能儘早去除這種不確定性，對市場是健康的。』。
雖然行政院想要儘快提出方案，不過接下來的戰場將正式轉入立院，才真正要面對各方的挑戰；國民黨立委賴士葆提案證交稅由現行的千分之三調降為千分之二，已經獲得多位立委聯署，顯示雖然行政院堅持不動證交稅，但推動證所稅，勢必將難與證交稅脫鉤。陳沖說：中華民國是民主多元社會，不同意見可以豐富政策的內涵，不過外界等著看的是，馬政府推動公平稅制的第一步，究竟能否走得通？