馬英九總統連任成功，兩岸農曆年後將展開ECFA後續談判，兩岸生技合作也將加速進行，其中兩岸醫藥衛生合作協議將台灣的基亞生技 (3176) 的PI-88、太景生技的奈諾沙星及安成生技的AC-201，做為兩岸新藥合作的優先指標，加速兩岸臨床相互認證審批時間，除了在國內進行臨床試驗，也可同時在中國同步進行，未來新藥上市後將可同步在兩岸間銷售，獲利爆發提前引爆。
兩岸醫藥衛生合作協議自去年6月26日生效以來，受限於行政、法規體制與檢驗標準差異，合作之路始終沒有進展，為此，大陸藥監局(SFDA)副局長吳湞去年年底來台參加第一屆兩岸醫藥品研發合作研討會，為兩岸醫藥建立合作特快車。此次台灣總統大選結束，馬英九連任，對於兩岸合作將更加深化，因此將使兩岸醫藥建立合作特快車將搭載噴射引擎，使得新藥審批時間將更加快速。
國內發展生技產業，兩岸必須要合作，從藥品相互認證，兩岸醫學中心共同進行臨床試驗，才能將餅坐大，例如兩岸醫藥衛生已達成多項合作，包括有基亞、太景和安成生技，已同步在台灣、中國進行三期臨床新藥實試驗，加速國內生技新藥發展。
據了解，基亞PI-88即將給歐美藥廠授權，據了解，授權金將上看4億元美元(約合台幣120億元)，由於目前討論進度已經進入最後階段，最快明年首季將會有結果。目前肝癌新藥PI-88正進行第三期臨床，將於2013年完成6成臨床試驗，2014年正式藥品上市銷售，搶食全球738億元肝癌市場。
另外，太景生技奈諾沙星已被選為兩岸合作的「特例」，三期臨床試驗收案人數將有85％在中國，15％在台灣，預計2012年底完成，2013年在中國申請藥證，未來將透過ECFA管道，同步取得台灣藥證。