接種疫苗有時只需掛號費，但有時卻要自費；甚至還會聽說，不要到衛生所打針等傳言，因為衛生所的針比較粗？其實也是錯誤觀念。
在收據方面，有些需要自費的項目卻未能明列清楚。且調查發現，又以診所的收據不合格比例最高。
預防保健服務從原有的九次改為七次，以貼近幼兒接種疫苗時間，以期提升使用率。此外，像是所謂健兒門診則是由衛生所提供。
許多新手媽媽們，在帶小孩接種幼兒常規疫苗時，總會遇到許多大大小小的問題，例如：「為何上次來注射疫苗，只需負擔掛號費，但這次來，除了掛號費外，又需負擔診察費或注射費」，收費問題易令人混淆。
衛生署國民健康局婦幼及生育保健組組長黃蔚綱表示，若是搭配預防保健服務，家長可順便帶幼童接種常規疫苗，此時，則僅需收掛號費，不另外收費。但若只是注射常規疫苗，而未搭配預防保健服務時，則除了須負擔掛號費外，還需付注射費或是診察費。
有位媽媽表示，孩子一歲一個月時帶去打自費疫苗，當時只付了掛號費及自費疫苗的費用；但隔了兩個月又帶孩童去時打公費疫苗，則該診所收取一五○元掛號費及一劑一○○元的注射費〈共注射兩劑〉，打一次預防針下來，花費三五○元，也讓該位媽媽百思不得其解。
黃蔚綱組長表示，幼童在一歲至一歲半時會有一次的預防保健服務，醫師會針對幼童作詳細檢查，且其診察費則由國健局負擔。但若在一歲半前，又需注射幼兒常規疫苗時，則需自付掛號費及其他費用。
國民健康局副局長趙坤郁也表示，建議民眾若已使用過預防保健服務後，可至當地衛生所施打。通常衛生所都是不收掛號費、診察費、注射費的；僅有少部分可能會收取些微的掛號費或是診察費或是注射費等等。
另，為何自費看診，仍需刷健保卡，健保局表示，這是為了登錄施打疫苗的紀錄，並看是否有使用預防保健門診的服務。
台灣醫療改革基金會研發組組長朱顯光表示，民眾可在收據上看是否有健保申報，來看是否被兩次收費；另，若怕被盜刷卡，也可注意收據上的就醫序號，如此次就醫序號為○一○，下次應該為○一一才是，若變為○一二則有被盜刷之疑。
民間監督健保聯盟發言人滕西華表示，通常在預防保健服務，大部分都會搭配施打疫苗時間，在預防保健服務中的診察費則是由政府給付，民眾僅需負擔掛號費，但不得收取注射費等額外費用；除非是自費看診，才會被收取診察費、注射費等額外費用。
建議，民眾可選擇衛生所，可提供免費注射，但由於衛生所需服務當地居民，通常只有上午可提供注射，對於有需求的民眾，則可先上網查詢當地衛生所提供注射的時間，以免白跑一趟。另，若到醫學中心注射，也只需掛號費不會有部分負擔。