促進產業升級條例去（98）年底落日後，營運總部因此喪失匯回股利免稅的優惠。會計師提醒，企業應調整海外營運布局，儘量將功能移轉回台灣，降低海外利潤，並將子公司盈餘從海外直接發給股東，避免匯回台灣要被多課一次17%營所稅。
過去企業只要在台灣設立符合條件的營運總部，子公司從海外匯回盈餘就不用課徵營所稅，但在促進產業升級條例在去年底落日後，營運總部不再適用租稅優惠，只要海外子公司匯回盈餘，立刻就多17%的營所稅成本。
勤業眾信聯合會計師事務所會計師林宜信指出，營運總部優惠取消後，企業應整體衡量在台灣與海外的營運布局，因台灣的營所稅率預計從25%降至17%，假設海外子公司的稅率較高，可將子公司背負的功能搬回台灣做；即使海外子公司適用的是低稅率，將來匯盈餘回台灣還是要課17%，不如直接回台灣做，免得海外先課一次稅，回台又課一次，一頭牛剝兩層皮。
在成本考量下，台商普遍將很多營運功能留在大陸，林宜信強調，現在應盡可能把功能留在台灣做，台灣母公司若提供服務給大陸子公司，一定要收取適當服務費，降低海外利潤，匯回台灣時要課的稅就愈少，公司整體稅負才能降到最低。
而且，過去台商回台上市時，可能會直接用台灣母公司做為上市公司的主體，但在營運總部租稅優惠取消後，可能必須以海外控股公司為上市主體，例如在免稅的開曼設立控股公司，持有台灣母公司和海外子公司股權，再回台上市。
林宜信建議，選擇回台上市主體時，要考量主要獲利來源以及公司大股東身分，主要股東都是台灣人的情況下，假設大陸子公司獲利較高，以開曼控股公司上市最節稅；台灣賺得比較多，才會直接以台灣公司上市。若大股東都是外國股東，以大陸為獲利來源的企業，就要用開曼公司上市，主要獲利在台灣者，用台灣公司或開曼公司上市的稅負都相同，多數企業還是會選擇用海外控股上市。
資訊來源：經濟日報