因為論文學術爭議，甚至被點名是影響民進黨這次敗選主因的陳明通，卻傳出因為受到蔡總統信賴，在這波內閣改組中職位不會變動，繼續留任國安局長，不過正在打立委選戰的王鴻薇藉此猛打綠營，外界也關注是否會進一步衝擊到吳怡農選情。