立法院朝野協商要求衛福部說明撤下BNT緊急使用授權之報告，衛福部原回覆，年初有洽談BNT疫苗才列入文件，但針對現行接種之疫苗廠牌已做「滾動式調整」；晚間再補充表示，5月3日接獲COVAX通知無法供應BNT疫苗，但與藍委查證疾管署4月27日就撤下BNT緊急使用的說法不符。

疾管署網站上原本認證「BNT疫苗獲我國的緊急使用授權」的文字，被藍營發現在4月27日「被消失」。先前官網對BNT疫苗的概述介紹是：「本疫苗目前已通過WHO、歐盟、美國等先進國家「及我國」緊急授權使用」，但「及我國」3個字已被拿掉。

不過，國民黨立院黨團總召費鴻泰日前表示，經查，疾管署是4月27日把BNT「我國緊急授權使用」拿掉。與衛福部所稱「過5月3日接獲COVAX通知無法供應BNT疫苗」，才做滾動式檢討修正的說法不符。

衛福部晚間再補充說明指出，針對我國Pfizer-BioNTechCOVID-19疫苗專案輸入許可相關疑義一案，我方將BNT疫苗納入我國COVAX候選疫苗其中一項。疾病管制署於今年1月下旬接獲COVAX通知獲配BNT疫苗約10萬劑，故於今年2月3日申請專案輸入許可事宜，「惟於5月3日我方再接獲COVAX通知無法供應BNT疫苗」。

衛福部表示，因此，依當時疫苗洽談及預估供應時程，先將有機會提供國人接種之COVID-19疫苗列入疫苗接種相關作業文件，並於今年2月26日納入疾管署全球資訊網>COVID-19防疫專區>COVID-19疫苗>疫苗簡介項下，持續滾動檢討修正。