馬英九總統上午在中華民國建國98年國慶典禮致詞指出，政府決定今年國慶日除中樞舉行典禮外，其他慶祝活動全部停止。因為八八水災有700多位同胞罹難或失蹤，就像失去自己親人一樣的哀痛，實在沒有心情舉辦國慶活動；讓悲劇不再發生，是政府對災民以及全國同胞最莊嚴的承諾。
馬英九說，台灣經歷一場大自然的震撼教育，我們深刻領悟，大地是人類安身立命的居所，面對大自然，人類要學習謙卑，不再與山河爭地。今年將是我們國土規畫保育工作的轉捩點，我們要儘快通過「國土計畫法」，做到以安全為優先，以生活為中心，以永續為目標。
他說，危險地區一定要禁止或嚴格限制開發，未來災區重建，必須考量氣候變遷因素，在安全無虞前提下，必須遷村的地區，儘可能做到離災不離村，離村不離鄉。他表示，防災重於救災是八八水災給我們另一個關鍵教訓。政府已將災害防救列為國軍中心任務之一。他說，這次救災過程讓我們看到台灣人的愛心與這塊土地旺盛的生命力。這段期間，災區出現了無數的救災英雄，救出了5萬多位災民。這些英雄有的是士兵，有的是飛行員，有的是警消人員，有的是村里長，有的是志工，他們都是無名英雄。
他表示，從去年五月執政以來，我們首先遭逢國際金融海嘯，如今經濟已開始回穩。俗話說：「打斷手骨顛倒勇」，台灣不但沒有被金融海嘯擊倒，反而比以前更有能力應付外來的挑戰。