一、何謂生理時鐘
所謂生理時鐘，最容易聯想到的就是時差，一天24小時一個迴圈，到了晚上自然想睡覺；另一個生理時鐘的迴圈則是女性的生理期，女性的生理期是每個月一次；或許一般人不知道其實飲食習慣也是一種生理時鐘，它與女性的生理時鐘，人們睡眠的生理時鐘相類似，都是一種迴圈，此迴圈係經由大腦控制指揮，指揮的總部在下視丘，舉例來說，女性生理週期其賀爾蒙分泌是由下視丘控制，其中腦下垂體儲存了很多身體內分泌系統體賀爾蒙，即由腦下垂體分泌出來的賀爾蒙可到達全身，例如掌管代謝的甲狀腺、腎上腺；女性生殖器官中卵巢、子宮等分泌所謂的動情激素及黃體激素，造成女性的月經週期。
因此會形成生理週期主要係內分泌的回饋系統控制我們的生理週期，俗稱生理時鐘；在飲食的生理時鐘上，是由下視丘，腦室旁的神精核(PVN)掌管我們的厭食中樞，掌管我們的飲食，當身體的血糖上升時，將會刺激下視丘裏厭食中樞裏的神精核，進而指揮腦下垂體，分泌賀爾蒙到血液裏面，隨血液流到胰臟，由胰臟分泌胰島素，藉以控制血糖的代謝，當血糖降低到一定程度時，就會造成饑餓的感覺，所以人們身體的飽脹感與饑餓感其實是與血糖的高低有很大的關係，如此的迴圈回饋系統，如同女性的生理週期及人們睡眠的生理週期一樣，都有其一定時刻表。
因此，一般肥胖者的生理週期已經定型，其大腦裏面已固定每一餐應該吃多少，固定分泌胰島素，甚至不吃東西的時候也會固定分泌胰島素出來，而胰島素的量係根據平常需求多少就會在固定的時間分泌多少的量，所以可以解釋不定時暴飲暴食或不定時吃東西的人，其本身胰島素分泌系統時間已經亂掉，因為沒有規律性，所以較易產生肥胖。
一般想節食或減肥的人，因為生理時鐘關係，以為會吃那麼多，故身體胰島素會分泌那麼多的量，故節食時會感到相當的餓，進食慾望就很難克制，所以就不容易瘦，故生理時鐘的減肥就是透過醫師醫療處方，控制身體厭食中樞來規律人體的生理時鐘，因此減重者若不按時吃藥將無法規律生理時鐘，另在生理時鐘尚未調整完成前就停藥的話，也是無法成功。由於每個人體質不同，調整的時間亦不同，平均調整生理時鐘須一至二個月的時間；生理時鐘法，剛開始須先記錄個人飲食習慣，原因是每個人進食環境不同，如吃外食或在家進食，或自己煮或母親煮抑或傭人煮的，由於個人飲食習慣不同，故生理時鐘減重法，並非指定飲食的內容(即不開功能表或食譜給減重者)，而是調整個人飲食的生理時鐘。
二、生理時鐘減重法的療程
在實施生理時鐘減重法之前，須先了解個人基本體質，包括體內賀爾蒙指數變化，對脂肪代謝的能力，或一般基礎代謝的能力，我們都可借由驗血、驗尿方式完成檢驗；我們希望三餐均有主食類成分(即澱粉類)，一般人正常飲食的生理迴圈約6~8小時左右，若將人的身體視為機械，它需要燃燒燃料製造能量(卡路裏)，燃料包括糖類(碳水化合物)、蛋白質、脂肪等，其中較易選擇的燃料是蛋白質，最不易選擇的是脂肪，原因是糖類代謝僅需12個生化步驟，氨基酸(蛋白質)也差不多，而脂肪酸則要42個步驟，脂肪在生物體的作用主要是最後一道能量提供者，只有冬天禦寒或冬眠動物上才會顯現其功能。在生理時鐘療程內，醫師建議是卡路裏一天約維持在1,200至1,400卡之間，一般基礎代謝約在1,000至1,200卡之間，正常平衡(正常體重)則是在1,600~1,800卡。建議主食澱粉量一天1碗飯(面)，或每餐小于半碗為原則。
生理時鐘減重法之療程係先利用藥物使減重者不覺得餓，生理時鐘改變須經一個月左右時間，並詳細記錄飲食，同時告訴醫生到底進食的量與時間是否規律，並告訴你自己原來的狀況，當醫生的處方開給你之後，體重一定會下降，然後醫師檢查到底吃多少才使體重下降，就好比醫生牽著減重者的手下樓梯一樣，一步一步走下來，減重者看得很清楚，即使將來放手之後也可以自己走下來，主觀的知道自己是怎麼走下去的，所以愈有記錄的人，愈清楚自己應該吃多少的人，他的減重進展是愈好。未來為什麼不會復胖，因為主觀裏面已經吃的足夠了，到後來才會發現原來自己發胖是因為過度進食，生理時鐘減重法療程就是在教育病人其實身體的需要量不用那麼多。