掌管哈佛捐贈基金這個錢袋子，負責錢生錢的就是1974年成立的哈佛管理公司。佛捐贈基金從47億美元暴增至226億美元再到369億美元，這家管理公司曾創下跑贏大市的理財神話。但一朝金融海嘯橫掃華爾街，捐贈基金也創下一年縮水80億美元的驚人紀錄，讓全美第一高校陷入史無前例的財務危機。
哈佛管理公司前CEO邁耶曾被稱為「哈佛大學的財神爺」，「哈佛最寶貴的財富之一」。邁耶上任前，哈佛捐贈基金的投資方式一成不變，上任後他制定並實施了大膽的投資戰略。他有別於個人投資和多數機構喜歡依賴美國股市的傳統，邁耶只拿出哈佛基金的15%用于投資美國股票市場，11%用來投資國內債券，其他都用于各種領域的投資，包括海外債券、風險投資、房地產等。
邁耶的投資戰略不僅帶來了高回報，而且避開了投資風險，降低了損失。2001年至2002年間，美國股票市場遭遇熊市，納斯達克股指一度下跌80%，許多依賴美國股市的大學基金一敗塗地，而哈佛的基金總額在2001年只下降了2.7%，2002年只下降了0.5%。這完全歸功于哈佛管理公司的多樣化投資。
經理薪水是校長幾十倍
然而，哈佛管理公司的高薪引起了一些校友的質疑和反對。以投資經理雅各森的薪水為例。1995年，他的薪水是哈佛大學？最高的，達600萬美元，是時任校長的25倍；1997年達到760萬美元；1998年更飆升至1020萬美元。1998年雅各森被迫辭職。
爭論並沒有因此而停息。2000年左右，邁耶及其手下每人高達三四百萬的薪水依然讓人眼紅。2003年底，7位哈佛校友聯名給時任校長薩默斯發出抗議信。他們認為當大學生們為哈佛不斷上漲的學費發愁的時候，這些基金經理卻拿著幾百萬甚至幾千萬的酬勞，這是一件「骯髒的」事。
邁耶受到的另一重壓力來自薩默斯和哈佛大學董事會成員魯賓（柯林頓時期的財長）。自2001年薩默斯擔任校長以來，他倆一直質疑邁耶的投資戰略。2005年，處于爭議漩渦的邁耶決定辭職，他還帶走了4個最賺錢的經理及數十名員工。