新冠肺炎疫情防治即將進入振興階段，台灣保持50天本土零確診。不過近期卻因為中央流行疫情指揮中心是誰決定提升為一級開設等問題，引起論戰。行政院發言人丁怡銘指出，一級開設是院長蘇貞昌和衛福部長陳時中在院會前就決策的事情，許多部會幕僚都與會，院長的裁示稿還已事先準備好相關內容，院長當天也照稿宣讀，宣布成立一級指揮中心，絕無所謂被誰逼出一級開設的想像。
資深媒體人黃光芹引述新北市長侯友宜的談話指出，2月27日當天在行政院會中，侯友宜舉手發言，要求行政院長蘇貞昌回應指揮中心一級開設的問題，蘇貞昌不得不裁示：「陳部長建議一級開設就一級開設，但指揮官由陳時中繼續擔任。」
侯友宜稱，當時不斷呼籲中央將指揮中心提升為一級開設，但是政院無動於衷，所以讓他火大去參加行政院會，蘇貞昌知道他每次與會都要發言，因此2月27日的院會當天，蘇貞昌讓交通部發言後，直接讓衛福部發言，讓他沒有機會發問。
最後侯友宜只好舉手提問，要求指揮中心不能再等，要立刻升級為一級開設，蘇貞昌聽完後，不得不裁示，提升為一級開設，並由陳時中繼續擔任指揮官。侯友宜也指出，他有40分鐘的音檔，可以證實他所言為真。