台灣雖小，但地形差異大，人口分布、工商業發展等都不同，導致各地空氣品質狀況有差異。環保署雖於全台建置77個空氣品質監測站，但因站點太少、有些裝置位置代表性不足，以致全台有不少「空汙孤島」，這些孤島甚至不少是空汙「重災區」。
例如花蓮縣和平一直無故定監測站，環保署去年將空氣品質監測車開進當地，竟然一度被測到「褐爆」，是最惡劣的空汙等急；去年底監測車開到高屏外海的小琉球，觀測意外發現，明明是海島，且沒工廠、人口少、島內還推動電動機車，空氣竟很糟糕，上周五甚至是全台「最紅」的地區。
台灣健康空氣行動聯盟成員許心欣說，小琉球這種就是屬於「位於下風處」、「無辜受害」的空汙重災區，島上的汙染全來自「境外」，也就是高雄重工業區所傳輸過來的「遺毒」。
她也以台中為例，海線地區如后里、東海、神岡，恐也是空汙重災區，但卻遲遲未設置監測站，沒監測就沒有數據，也不被納入縣市評比。其他像高雄美濃、台南白河也是。
另類孤島╱高雄林園有監測站卻壞近一季
即使有監測站的地方，卻也常設備故障，甚至還有一壞就是近一季的案例，形同變成另類空汙孤島。
高雄林園監測站前年12月底左右一直到去年2月間，細懸浮微粒PM2.5數值竟全呈現無數據，都是打叉叉的狀態。由於當地屬重工業區，原本就是空汙較不好的地方，環團與當地居民，因此質疑該監測「十分有鬼」。
環保署監資處長張順欽說，拚命設測站，並不會把空氣變好，最重要的還是要改善根本，而不是花錢設站。不過他也提到，目前擬在4年內於全台裝設10200個微型空品監測感測器。
中興大學環境工程學系教授莊秉潔說，環保署應拋棄本位主義，現在台電、各縣市政府都有空汙監測資料，卻分散在各網站中，應標在同一張圖上，全面整合起來，就可拼出台灣空汙地圖。台灣健康空氣行動聯盟發言人葉光芃說，台灣的監測站應要重新設定在高風險的地方，還要納入公民參與。