新制菸酒稅法將自6月12日開始施行，在施行的初期，市面上將同時流通新制和舊制不同價格的同種菸品，財政部也提醒，消費者應多留意分辨，如防偽貼紙等，以免多花冤枉錢。
菸稅自2017年6月12日以後進口或出廠的菸品，因為是按新制完納菸稅，才能以含調漲後菸稅的價格銷售，至於舊制菸品仍應按菸稅未調整前的價格銷售。為了支應長照財源，各類菸品之菸稅由現行每千支（每公斤）徵收590元，調增為每千支（每公斤）徵收1，590元。
財政部國稅局官員表示，若以每包20支裝的紙菸為例，新制施行前，每包菸的菸稅原本是11.8元，為590元除以1000支，乘以20支。而在新制施行後，每包菸的菸稅將調整為31.8元，為1，590元除以1000支，乘以20支，也就是每包菸增加菸稅20元。
所以新制實施後，每包20支的紙菸，實際負擔的菸稅和菸捐合計是51.8元，其中菸稅31.8元，及菸品健康福利捐20元。而若是每包25支的紙菸，實際負擔的菸稅則是39.75元、菸捐25元，合計為64.75元。
財政部也提醒消費者分辨兩方式，修法後的新制紙菸在有效期限附近位置，會刊印5碼或6碼的標記，例如「N51.8」、「T51.8」、「NT51.8」，業者須3者擇1刊印標示。
另一種方式則是會黏貼上2公分 × 1公分的辨識貼紙 。官員指出，會有兩種方式主要是因為進口菸運送期長，可能來不及於出廠時加辨識字樣，尤其台灣進口菸市場也相當多，所以也有辨識貼紙的方式，刊印的則以國產菸偏多。
至於辨識貼紙也有防掃描底紋，可避免不良業者複製列印、菸稅字樣也有螢光特殊反應、撕裂線也只能黏貼一次，同時，民眾可掃描貼紙上的QR code，連結到的頁面，會出現與貼紙上的數位控管碼。紙菸之外的菸絲、雪茄等其他菸品，分辨標示則為「NTAX」、「NEWTAX」或「TAX106」。
國稅局指出，為穩定菸品市場交易秩序，防杜菸品業者囤積配售及防制業者按新價販售舊菸，各地區國稅局及直轄市或縣市政府將加強市面稽查，針對轄內菸品批發業者及零售菸品的便利商店、連鎖超市、大賣場量販店、菸酒專賣店、雜貨店、夜市攤商(販)及檳榔攤進行菸品價格訪查、囤貨情形及識別標記實地查察。
民眾若發現業者「按新價販售舊菸」，可以向各地區國稅局、直轄市或縣市政府消費者服務中心申訴，或可撥打全國免付費檢舉專線0800－867890提出檢舉。如經查獲私劣菸酒，檢舉人獎勵金以罰金罰鍰及沒收沒入物變價款金額20%計算，每案檢舉獎金最高額可達480萬元。