牛頓的偉大似乎已毋庸置疑，有人認為，如果當時有諾貝爾獎，那麼牛頓至少能得三次：萬有引力定律、光學和化學的貢獻，另外由於他在微積分上的造詣，還能得一次菲爾茲獎（數學最高獎），但事實果真如此嗎，長久以來，一直有史學家在質疑牛頓的成就和貢獻。
在胡克去世後，已成為英國皇家科學院院長的牛頓，將皇家學會的胡克實驗室和胡克圖書館解散。胡克的所有研究成果、研究資料和實驗儀器也被分散或者銷毀，牛頓甚至下令銷毀胡克的畫像，所以人們至今都不知道胡克的真實容貌。
早在1670年，牛頓就開始研究光學，並取得了一定成就，但他錯誤的支持了光的粒子說，胡克批評了他的錯誤觀點，這使得牛頓非常不滿（這也是兩人交惡的開 始）。1704年，牛頓著成《光學》一書，詳述了光的粒子說，由於牛頓此時的威望已今非昔比，因此光的波動學說受到壓制。
牛頓從小就具備了異於常人的數學天賦，他很早就注意到了「微積分」這一數學方法的重要性，有專家認為胡克之所以沒能先於牛頓公佈引力定律就是因為自己的數學造詣遠遜牛頓。但在微積分學發現權的爭奪上，牛頓表現出了近乎瘋狂的執拗。
對於同時微積分發現者的萊布尼茨，牛頓聲稱自己先於萊布尼茨得出了他的方法，但當時牛頓幾乎沒有發表過任何內容，而期間萊布尼茨已發表了微積分學的完整敘述。而萊布尼茨的符號「微分法」被歐洲大陸全面採用，因為牛頓的原因，英國知道一百多年之後才接受了該方法。
1699年，英國皇家學會的成員們紛紛指控萊布尼茨剽竊了牛頓的成果，爭論全面爆發。氣候皇家學會發佈了調查聲明，宣佈牛頓才是真正的發現者，萊布尼茨被 斥為騙子。但後來，人們發現該調查中評論萊布尼茨的結語就是牛頓本人寫成。這場爭論破壞了兩人的學術生活，直到後者去世。
1696年，牛頓經過財政大臣的提攜到皇家鑄幣廠做監管，他做的十分盡職，通過告密者以及嚴密的監視，搗毀了一大批偽幣廠並抓獲了大批偽幣製造者，等待他們的是殘酷的死刑——車裂。
1705年，英國女王授予牛頓爵士身份，讓人尷尬的是，這項榮譽與他早年在科學上的貢獻無關，而只是為了獎勵他在鑄幣廠的優異表現。他還擔任過國會議員，但是他唯一有記錄的議案是抱怨議會廳的寒冷氣流並要求關閉窗戶。
牛頓後半生寫了至少一百五十餘萬字的神學著作，牛頓認為萬有引力的第一推動力是上帝的力量，他還仔細研究了《聖經》當中的末日理論，並撰寫了大量但卻百無一用的研究手稿。
「如果我比別人看得更遠，那是因為我站在巨人的肩上」。有觀點認為牛頓是一個謙遜的人，這句話出自牛頓寫給胡可的一封信中，當時兩人正因為光學研究的問題互相攻擊，因此這句名言其實是對胡克的嘲弄（傳言胡克身材矮小且其貌不揚）。
在微積分發現權的爭論中，歐洲大陸的一些科學家質疑牛頓的成就被過分誇大，牛頓的回應是：「我僅僅是一個在海邊嬉戲的頑童，為時不時發現一粒光滑的石子或一片可愛的貝殼而歡喜，可與此同時對我面前的偉大的真理的海洋熟視無睹。」嘲笑他們的貢獻還不如「石子、貝殼」。
牛頓一生未婚，性格乖張，據常年在他身邊的人回憶，牛頓在人前只笑過兩次，其中一次還是嘲笑：有人問他，歐幾里得的《幾何原本》那麼老朽，不知道還有什麼價值。牛頓聞聽放聲大笑。
如果牛頓有什麼摯友的話，那麼天文學家哈雷算是絕無僅有的一個了，是哈雷主動找到牛頓請他解決行星橢圓運行軌道問題，牛頓因此寫出《原理》一書，哈雷又力促此書出版，當出版商資金匱乏時，哈雷自掏腰包資助（圖為哈雷彗星）。
但後來哈雷謀求牛津大學的天文學教授職位時（以哈雷在天文學上的造詣完全有資格獲得此職位），面對重重阻力，當時已經聲名鵲起的牛頓不僅沒有助哈雷一臂之力，反而支持另外一位人選，最終哈雷落選並對此極度失望。
牛頓於1727年3月31日死於倫敦，被國葬於威斯敏斯特教堂，成為史上第一個獲得國葬的自然科學家。在他死後，在牛頓身體內發現了大量水銀，可能是他研究煉金術所導致的。