機組員放寬「3+11」邊境管制，是否為社會破口引起爭議。對此國政基金會永續發展組召集人陳宜民指出，要證明是否為破口，只要公布基因定序結果分析就能得知。然而前疾管局局長蘇益仁則表示，本土疫情爆發已三個多月，基因定序也難以追溯感染源。尤其是RNA病毒在不同人體中會發生複製錯誤，只要傳染的代數越多，基因變就會越大，「就算是A傳染B、B傳染給C，A與C之間的核甘酸變異變大，就算是同一株感染的，結果也不見得一樣。」

他說，不管是針對境外移入或社區個案，多是採行基因定序及疫調雙向進行，但有效果及侷限性，只要漏掉個案或有隱性傳播鍊未被揪出，最後感染源不明個案出現，即便後續定序出來，病毒株序列都一樣，也無法直指「3+11」是造成社區破口的證據。

指揮官陳時中過去提及機師染疫與新北獅子會、宜蘭遊藝場等基因定序有關，但本土疫情爆發後三個月，又改口說無法證實有直接關聯。蘇益仁表示，這三個月無論是等待疫調及基因定序做連結，「但找不出來的個案，就是找不出來，僅淪為羅生門，無法說有關、也無法說無關。」

對於指揮中心因「3+11」案件發言，引起國內砲聲隆隆。他說，現階段除非鎖國，否則邊境要100%守住太困難。相比過去出入境只要隔離兩周，但現在病毒變異後，在免疫力不好的人身上，潛伏期可能拉長至數個月，無論是針對基因定序、隔離手段、疫調等，用非藥物手段進行防疫不可能一直做下去。

他說，「3+11」政策未來要改為隔離七天、14天、21天等邊境管制跟防疫措施，都只是在用空間換取時間，最主要是國內必須加快疫苗接種，才能獲得對抗病毒的保護力，強調不能用三級警戒、四級封城等思維防疫，民眾已經苦的哀哀叫了。